| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 765,675 | 0 | A | C | 59.0% | 36.3 / 45.3 | 39 | T748P (ACC→CCC) | mngB | mannosylglycerate hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (12/4); new base C (0/23); total (12/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.89e-06 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATGGGA > NZ_CP009273/765591‑765760 | gggCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGt > 1:47006/1‑90 (MQ=255)gggCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGt > 1:269697/1‑90 (MQ=255) aTTAAAATGCCAGCCCCGGACCCACACCTACGTGGTCTGTTTTTTTGCCGCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCt < 1:881016/90‑1 (MQ=255) aaaaTCCCCGCCCCGGCCCCACAACTCCGTGGTTTGTTTTTTTGCCCCCAAATTTTATTGATTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGgt < 1:578855/90‑1 (MQ=255) aaaTCCCAGCCCCGGACTCACAATTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATGGATTTATCCCGGAACCCCACCCGCCGCTGgtg < 1:928052/90‑1 (MQ=255) cAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTc > 2:1607823/1‑90 (MQ=255) aGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTca > 1:1307686/1‑90 (MQ=255) ccGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTcagcag < 2:399715/90‑1 (MQ=255) ggACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGgc > 1:1264462/1‑90 (MQ=255) ggcTCACATCTACGTGGTCTGTTTTCTTGGCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGGCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGgcg < 2:186473/88‑1 (MQ=255) aaaaCTCCGGGGTCTGTTTTTTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGc < 1:118070/88‑1 (MQ=255) aaCTACGTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCAt < 2:1043805/90‑1 (MQ=255) aaCTACGTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCAAATTTTATTGAGTTATCCCGGTCCCCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCAt < 2:1307686/90‑1 (MQ=255) gggggTCGGCTTTTGTGCCGCCTAATTTTTTTGGTTTATCCCGGTGCGCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:949807/87‑1 (MQ=255) cggggTCTGTTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:1186025/87‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAATTTTTTTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:1607823/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGTCCCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:297284/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTTTTGTCGCCTAAGTTTTTTGATTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:1139143/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:481318/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:271768/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:163783/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:396460/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:628596/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGcct > 1:186473/1‑88 (MQ=255) gggTCTCTTTTCTTGTCGCCAAATTTTATTGAGTTATCCCGGTCCGCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGAc < 1:1471520/89‑1 (MQ=255) gTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTc > 1:1504306/1‑90 (MQ=255) ttCTTGTCGCTTAATTTTATTGATTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACa < 2:713101/90‑1 (MQ=255) ttCTTGTCGCCTAATTTTTTTGATTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACa < 2:1504306/90‑1 (MQ=255) ttCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACa < 2:304563/90‑1 (MQ=255) ttCTTGCCCCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACa < 1:255797/90‑1 (MQ=255) ttGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAgtg > 1:263818/1‑90 (MQ=255) cGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTac > 2:1600742/1‑90 (MQ=255) cGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTac > 1:1328306/1‑90 (MQ=255) ttATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATc < 2:263818/90‑1 (MQ=255) aTTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATccc > 1:1360346/1‑90 (MQ=255) ttatttATCCCGCTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCAt < 2:22739/86‑1 (MQ=255) aGTTATCCCGGTCCCCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATgg < 1:448180/90‑1 (MQ=255) gTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATggg > 2:434425/1‑90 (MQ=255) ttATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATGGGa < 2:117173/90‑1 (MQ=255) | GGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATGGGA > NZ_CP009273/765591‑765760 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |