| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 765,675 | 0 | A | C | 57.9% | 15.0 / 18.0 | 19 | T748P (ACC→CCC) | mngB | mannosylglycerate hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/2); new base C (0/11); total (6/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.03e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATGG > NZ_CP009273/765591‑765758 | gggCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGt > 1:441293/1‑90 (MQ=255) gcCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGCCTGCTTTCTTGTCACCTAAGTTTATTGGGTTATACCGTTACGcc > 2:479880/1‑90 (MQ=255) aaaaTGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGgt < 2:240629/90‑1 (MQ=255) cacaACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAg > 2:568982/1‑90 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTTTTGCCGCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:515301/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGTACCCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:508053/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGATTTATACCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:468770/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGTCCCCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:22202/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:212562/90‑1 (MQ=255) tCTGTTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTcc < 2:286612/90‑1 (MQ=255) cTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCa > 2:77819/1‑90 (MQ=255) tGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAg > 1:240136/1‑90 (MQ=255) tttCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTc < 2:329666/60‑1 (MQ=255) tttCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTc > 1:329666/1‑60 (MQ=255) ttCTTGTCGCCTATTTTTATTGGTTTATCCCGTTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACa < 2:335162/90‑1 (MQ=255) ttCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACa < 1:71709/90‑1 (MQ=255) aaGTTTATTGAGTTATCCCGTTACCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTAcaacaa < 1:98740/90‑1 (MQ=255) ttATGGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATc < 1:568982/90‑1 (MQ=255) aGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATgg < 1:183844/90‑1 (MQ=255) | GGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATGG > NZ_CP009273/765591‑765758 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |