| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 765,675 | 0 | A | C | 55.9% | 34.0 / 41.3 | 34 | T748P (ACC→CCC) | mngB | mannosylglycerate hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/4); new base C (0/19); total (11/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.57e-05 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATGGG > NZ_CP009273/765600‑765759 | tCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAAcc < 2:348146/90‑1 (MQ=255) aaaTTAAAATGCCAGCCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGTCCGCCAAccgccg < 1:510792/89‑1 (MQ=255) aTTAAAATGCAAGTCCCGGACTCACAACTACGGGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCt < 2:512920/90‑1 (MQ=255) aTTAAAAGGCCAGTCCCGGCCCCACAACTGCGGGGTCTCCTTTCTTGTCGCCTAGTTTTATTGATTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCt < 1:1252708/90‑1 (MQ=255) cacaACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAg > 1:546883/1‑90 (MQ=255) aCGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCt > 2:665135/1‑90 (MQ=255) cggggTTTGTTTTCTGGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTCCCCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:927776/87‑1 (MQ=255) cggggTCTGCTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTTCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:577411/87‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTTTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTCCGCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:268523/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:1304454/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:101047/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:235747/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGCCCCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:803054/90‑1 (MQ=255) acaggTCTGTTTTCTTGCCCCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:993671/87‑1 (MQ=255) gTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTc > 2:742135/1‑90 (MQ=255) gTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTc > 1:329437/1‑90 (MQ=255) tCTGTTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTcc < 2:753612/90‑1 (MQ=255) cTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCa > 2:1009849/1‑90 (MQ=255) cTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCa < 2:329437/90‑1 (MQ=255) tttCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTAc < 2:1081773/90‑1 (MQ=255) tttttGTCGCCTAATTTTTTTGAGTTATCCCGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACa < 1:126658/87‑1 (MQ=255) tttttGGCGCTTAGGTTTTTGGGGTTAGCCGGGTGCCCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACa < 1:963752/87‑1 (MQ=255) ttCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGc < 2:134867/57‑1 (MQ=255) ttCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGc > 1:134867/1‑57 (MQ=255) ttGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTAcctgt > 1:993671/1‑86 (MQ=255) cgcgTAATTTTATTGAGTTATCCGGGAACCCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTac < 1:1144764/90‑1 (MQ=255) cGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTac > 2:953223/1‑90 (MQ=255) cTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTacaac > 1:1305027/1‑90 (MQ=255) ttttATTGATTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACaaaa < 2:1305027/89‑1 (MQ=255) gTTTATTGAGTTATCCCGGTACCCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACaaaa < 2:125926/90‑1 (MQ=255) ttATTGAGTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATc < 2:1130302/90‑1 (MQ=255) atttATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATgg < 1:831451/88‑1 (MQ=255) gTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATggg > 2:1082/1‑90 (MQ=255) gTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATggg > 1:652215/1‑90 (MQ=255) | TCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATGGG > NZ_CP009273/765600‑765759 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |