| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 49,884 | C→T | P21L (CCG→CTG) | folA → | type 3 dihydrofolate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 49,884 | 0 | C | T | 96.8% | 182.7 / ‑1.3 | 64 | P21L (CCG→CTG) | folA | type 3 dihydrofolate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (27/34); total (28/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.22e-01 | |||||||||||
AATTTTTTTTATCGGGAAATCTCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCA > NZ_CP009273/49799‑49969 | aaTTTTTTTTATCGGGAAATCTCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTgg < 2:322773/90‑1 (MQ=255) aTTTTTTTTATCGGGAAATCTCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGa < 1:940313/90‑1 (MQ=255) ttttttATCGGGAAATCTCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAAcc < 1:1335866/90‑1 (MQ=255) tttATCGGGAAATCTCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAAcctgc < 1:902409/90‑1 (MQ=255) ttATCGGGAAATCTCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAAcctgcc < 1:626164/90‑1 (MQ=255) tCGGGAAATCTCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACctgcctgc < 1:363314/90‑1 (MQ=255) tCGGGAAATCTCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACctgcctgc < 1:641687/90‑1 (MQ=255) tcAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGcc < 1:593183/90‑1 (MQ=255) aaTGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTg < 2:488896/90‑1 (MQ=255) tCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACACCAAGCTGTGGAACCTGCCTTCCGATCTCGCCTGGTTTa > 1:713060/1‑90 (MQ=255) cAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTaa > 2:683969/1‑90 (MQ=255) cAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTaa > 1:152337/1‑90 (MQ=255) aGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTaaa > 1:649369/1‑90 (MQ=255) aGTCTGATTGCGGCGTTAGCGATAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTaaa > 1:1238704/1‑90 (MQ=255) gATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCaa < 1:653532/90‑1 (MQ=255) gATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCaa < 1:771086/90‑1 (MQ=255) gATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCaa < 1:1065596/90‑1 (MQ=255) gATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCaa < 1:1184571/90‑1 (MQ=255) gATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCAGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCaa < 1:772851/90‑1 (MQ=255) aTTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCa > 1:873395/1‑88 (MQ=255) aTTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCa < 2:873395/88‑1 (MQ=255) aTTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAac > 1:920959/1‑90 (MQ=255) aTTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAac < 2:1276837/90‑1 (MQ=255) gcggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACAcc > 2:46003/1‑90 (MQ=255) gcggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCAGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAac > 1:283361/1‑87 (MQ=255) gcggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCAGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAac < 2:283361/87‑1 (MQ=255) ggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGGACCTGCCTGCCGGTCCCGCCTGTGTTAAATGGACCACCtt > 1:1357111/1‑90 (MQ=255) ggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCtt > 2:482918/1‑90 (MQ=255) ggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCtt > 2:1373648/1‑90 (MQ=255) ggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCt > 2:120328/1‑89 (MQ=255) ggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCt < 1:120328/89‑1 (MQ=255) ggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAGCTCGCCTGGTTTa < 2:1223521/77‑1 (MQ=255) ggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGAGCTCGCCTGGTTTa > 1:1223521/1‑77 (MQ=255) gcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTta < 2:1260723/90‑1 (MQ=255) tAGCGGTAGATCGCGTTATCGGAATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTtaaata < 1:1053097/90‑1 (MQ=255) aGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTtaaataa < 1:166400/90‑1 (MQ=255) ggTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCaa < 2:579443/75‑1 (MQ=255) ggTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCaa > 1:579443/1‑75 (MQ=255) tAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCaa > 2:327083/1‑73 (MQ=255) tAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCaa < 1:327083/73‑1 (MQ=255) aGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGt < 1:710247/90‑1 (MQ=255) aGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGt < 1:522335/90‑1 (MQ=255) aGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGt < 2:1279931/90‑1 (MQ=255) gcgTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGGACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGGTTAAAAGCAACACCTTAAATAAACCCGGGGTTa > 1:1350022/1‑90 (MQ=255) gcgTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGGTCTCGCCTTGGTTAAAAGCAACACCCTAAAAAAACCCGTGGTTa > 1:594476/1‑90 (MQ=255) gcgTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAAccc < 1:661634/83‑1 (MQ=255) gcgTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAAccc > 2:661634/1‑83 (MQ=255) gcgTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTa > 1:1153068/1‑90 (MQ=255) ttATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATgg > 2:830177/1‑90 (MQ=255) ttATCGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATgg > 1:408553/1‑90 (MQ=255) cGGCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGgccg > 2:712556/1‑90 (MQ=255) ggCATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGgccgc < 1:1373648/90‑1 (MQ=255) gCATGGAAAACGCCATGCTGTGGACCCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGgccgcc < 1:405988/90‑1 (MQ=255) cATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCaa < 2:971177/57‑1 (MQ=255) cATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCaa > 1:971177/1‑57 (MQ=255) cATGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCa < 1:438714/90‑1 (MQ=255) cATGGAAAACCCCATGCTGGGGAACCTGCCTGCCGATCCCGCCTGGTTTAAACCCAACCCCTTAAAAAAACCCGTGATTATGGGCCGCCa < 1:144943/90‑1 (MQ=255) aTGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCAt < 2:1326749/90‑1 (MQ=255) aTGGAAAACCCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCAt < 1:548293/90‑1 (MQ=255) tGGAAAACGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATa > 1:779420/1‑90 (MQ=255) aaCGCCATGCTGTGGACCCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTgg < 2:762934/90‑1 (MQ=255) cGCCATGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGa > 2:1217622/1‑90 (MQ=255) aTGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGaatca > 2:1079856/1‑90 (MQ=255) tGCTGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCa > 1:785327/1‑76 (MQ=255) | AATTTTTTTTATCGGGAAATCTCAATGATCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCA > NZ_CP009273/49799‑49969 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |