| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 4,368,619 | 0 | A | C | 56.0% | 14.8 / 31.3 | 25 | V48G (GTA→GGA) | ampC | BlaEC family class C beta‑lactamase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/0); new base C (0/14); total (11/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.24e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.76e-04 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCA > NZ_CP009273/4368534‑4368708 | aaaCAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATT‑accgc > 1:648384/1‑90 (MQ=255) tgtgtgCGGGGCTGTTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGAAAAGTAAAAAGGTTTCCCCTAAAAAATT‑CCCGCCA‑CCGCCATAccc < 2:362751/90‑1 (MQ=255) gctTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTttgtt > 2:375714/1‑90 (MQ=255) ttttgGGGGATCCCCGCATCCCCCAAGAAAAAAAAATAGGTTTTCCCCTAAAAATTC‑CCCGCCC‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGc < 1:461424/90‑1 (MQ=255) tgggCGATGCCCGCATACCCCCAGGAAAAGAAAAAAGGTCTCCCCTAAAAAATT‑CCCCCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGctct < 2:383676/88‑1 (MQ=255) gATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACGCTGATAAATT‑ACCACCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAg > 1:811546/1‑90 (MQ=255) gATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAg > 2:852171/1‑90 (MQ=255) gcccGCATACCCCCAGGAAAAGTAATAAGTTTTCCCCTAAAAAATT‑CCCCCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCgg < 2:296738/88‑1 (MQ=255) gCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTa > 1:739044/1‑90 (MQ=255) cccAGAAAAAGTAAAAAGTTTTCCCCTAAAAAATT‑CCCCCCC‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGc < 2:87939/90‑1 (MQ=255) ccaaGGAAAAGTAATAAGTTTTCCCTTAAAAAATT‑CCCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGc < 2:23866/87‑1 (MQ=255) cAGATAAAGTAATAAGTTTTCCCTTAAAAATTT‑CCCCCCC‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGa < 2:17393/90‑1 (MQ=255) aagaaaaaTAAAAATGTTTTCCCTTAAAAAAT‑CCCCCCCCCCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGa < 1:725347/86‑1 (MQ=255) gaaaaGTAATAAGTTTTCCCTTAAAAATTT‑CCCGCCC‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGc < 2:117106/88‑1 (MQ=255) aaaaaGAAATAAGTTTAACCCTAAAAATTT‑CCCCCCC‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGc < 2:268347/88‑1 (MQ=255) gaaaaTAAAAAGTTTTTCCCTTAAAAATTCCCCCCCC‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGc < 1:98697/89‑1 (MQ=255) aaGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGcaca > 1:513400/1‑90 (MQ=255) aGTAATAAGTTTTCCCTTGAAAATTT‑CCCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACaa < 2:259725/90‑1 (MQ=255) aaaataaGTTTTCCCTTAATAATTC‑CCCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAat < 2:922184/88‑1 (MQ=255) ttACCCTGATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGAtt > 1:257978/1‑90 (MQ=255) ttACCCTGATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGAtt > 2:684347/1‑90 (MQ=255) ttACCCTGATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATAGTGCGATGCACAATATCGTTGAtt > 2:939079/1‑90 (MQ=255) ttaaTAAATC‑CCCCCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATttgttg < 1:145792/87‑1 (MQ=255) gATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAg > 2:503353/1‑90 (MQ=255) gATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAg > 1:73015/1‑90 (MQ=255) gATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAg > 1:126641/1‑90 (MQ=255) accgcca‑ccgccATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGgcagca > 2:799466/1‑90 (MQ=255) | AAACAACGTTTGCTGTGTGACGGGCTGCTTTTTGGCGATGTCCGCATAGCCCCAGGTAAAGTAATAAGGTTTACCCTGATAAATT‑ACCGCCA‑CCGCCATACCCGGGATCTTTTGTTGCTCTATAAGCGGGGTAATTGTGCGATGCACAATATCGTTGATTTGTTGAGGGGCAGCA > NZ_CP009273/4368534‑4368708 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |