Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 2,759,232 | (G)6→7 | intergenic (‑97/‑45) | yfjM ← / → rnlA | DUF1524 domain‑containing protein/type II toxin‑antitoxin system toxin mRNA endoribonuclease RnlA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 2,759,226 | 1 | . | G | 94.2% | 184.9 / 4.4 | 52 | intergenic (‑91/‑51) | yfjM/rnlA | DUF1524 domain‑containing protein/type II toxin‑antitoxin system toxin mRNA endoribonuclease RnlA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/2); new base G (30/19); total (31/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.58e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.60e-01 |
TTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCA‑GGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTT > NZ_CP009273/2759137‑2759302 | ttGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCa > 2:1884316/1‑90 (MQ=255) tgtgGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCA‑g < 1:96904/90‑1 (MQ=255) tgGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCA‑ggg < 1:2386280/90‑1 (MQ=255) tgGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCA‑ggg < 2:2238106/90‑1 (MQ=255) tgGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCA‑ggg < 2:2494577/90‑1 (MQ=255) gACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCA‑ggggg < 1:2257767/90‑1 (MQ=255) gACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCA‑ggggg < 2:688160/90‑1 (MQ=255) cTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCA‑ggggggg > 2:3018689/1‑89 (MQ=255) cTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCA‑ggggggg > 2:2637111/1‑89 (MQ=255) cTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCA‑ggggggg > 2:125367/1‑89 (MQ=255) tGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCA‑gggggggt < 2:68901/90‑3 (MQ=255) cccccccGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCA‑gggggggtat < 1:1576739/90‑5 (MQ=255) cccccccGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCA‑gggggggtat < 2:2472326/90‑5 (MQ=255) cccccccGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCA‑gggggggtat < 1:1366920/90‑5 (MQ=255) cccccccGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCA‑gggggggtat < 1:1126566/90‑5 (MQ=255) 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(MQ=255) tataGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGtt < 2:3025801/90‑1 (MQ=255) ataGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGttt > 2:2274104/1‑90 (MQ=255) ataGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGttt > 2:1552157/1‑90 (MQ=255) ataGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGttt > 2:1748878/1‑90 (MQ=255) ataGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGttt > 2:1075299/1‑90 (MQ=255) ataGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGttt > 1:1862696/1‑90 (MQ=255) ataGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGttt > 1:437581/1‑90 (MQ=255) ataGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGttt > 1:326000/1‑90 (MQ=255) 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TTGTGGACTGCCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTGCCCCCTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCA‑GGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTT > NZ_CP009273/2759137‑2759302 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |