Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP009273 | 3,273,721 | A→G | E49G (GAA→GGA) | agaV → | PTS N‑acetylgalactosamine transporter subunit IIB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP009273 | 3,273,721 | 0 | A | G | 99.0% | 379.8 / ‑5.0 | 101 | E49G (GAA→GGA) | agaV | PTS N‑acetylgalactosamine transporter subunit IIB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (39/61); minor base C (0/1); total (39/62) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
TTCAATGGGTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGAAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTGCAAAAAGTTATCGACAACATTCATCGCGCCGCCGATCGACAGA > NZ_CP009273/3273634‑3273807 | ttCAATGGGTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGgaa < 2:80907/90‑1 (MQ=255) ttCAATGGGTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGgaa < 1:2343717/90‑1 (MQ=255) ttCAATGGGTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGgaa < 2:1507372/90‑1 (MQ=255) tCAATGGGTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAAt < 2:2990955/90‑1 (MQ=255) tCAATGGGTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAAt < 2:2399681/90‑1 (MQ=255) cAATGGGTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGgaa < 2:2881414/88‑1 (MQ=255) cAATGGGTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGgaa > 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ggTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACt < 1:1500006/90‑1 (MQ=255) ggTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACt > 1:2117115/1‑90 (MQ=255) ggTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACt < 1:1379953/90‑1 (MQ=255) cGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGc < 2:1319434/90‑1 (MQ=255) gATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAg > 2:1871481/1‑90 (MQ=255) gCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAggg > 2:2749044/1‑90 (MQ=255) gCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAggg > 2:2333702/1‑90 (MQ=255) gggggCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGAt < 2:2250512/90‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aTCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTAc < 1:2550648/90‑1 (MQ=255) aTCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTAc < 2:1181220/90‑1 (MQ=255) aTCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTAc < 2:2042717/90‑1 (MQ=255) aTCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTAc < 2:1151235/90‑1 (MQ=255) aTCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTAc < 2:194360/90‑1 (MQ=255) aTCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTAc < 2:1037111/90‑1 (MQ=255) aTCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTAc < 1:1839480/90‑1 (MQ=255) aTCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTAc < 2:2188685/90‑1 (MQ=255) aTCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTAc < 2:533318/90‑1 (MQ=255) aTCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTAc < 2:73482/90‑1 (MQ=255) aTCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTAc < 1:2792243/90‑1 (MQ=255) aTCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTAc < 1:2050296/90‑1 (MQ=255) aTCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTAc < 2:2262153/90‑1 (MQ=255) aTCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTAc < 2:2311585/90‑1 (MQ=255) aTCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTAc < 1:2916672/90‑1 (MQ=255) aTCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTAc < 1:415788/90‑1 (MQ=255) tGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGaa > 2:2681614/1‑68 (MQ=255) tGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTAc < 1:2225094/81‑1 (MQ=255) ggTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACt < 2:596688/60‑1 (MQ=255) gTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACg < 1:1895627/90‑1 (MQ=255) gCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTg > 2:1023031/1‑90 (MQ=255) gCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTg > 2:618016/1‑90 (MQ=255) aaCGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTGCaa < 1:2716315/90‑1 (MQ=255) aaCGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTGCaa > 2:1071050/1‑90 (MQ=255) aCGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTGCaaa > 1:1876863/1‑90 (MQ=255) 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gTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTGCAAAAAGTTATc < 1:291183/90‑1 (MQ=255) tGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTGCAAAAAGTTATCGa > 1:1819754/1‑90 (MQ=255) gCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTGCAAAAAGt > 2:415738/1‑83 (MQ=255) gCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTGCAAAAAGt < 1:415738/83‑1 (MQ=255) gCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTGCAAAAAGTTATCGac > 2:2957023/1‑90 (MQ=255) gCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTGCAAAAAGTTATCGac > 1:330161/1‑90 (MQ=255) ccGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTGCAAAAAGTTATCGaca < 1:618016/90‑1 (MQ=255) cGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTGCAAAAAGTTATCGacaa < 1:2749044/90‑1 (MQ=255) 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< 2:1404228/69‑1 (MQ=255) aCCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTGCAAAAAGTTATCGaca > 1:1404228/1‑69 (MQ=255) aCCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTGCAAAAAGTTATCGACAACATTCATCGCGCCGCCGATc > 2:212438/1‑90 (MQ=255) aCCTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTGCAAAAAGTTATCGACAACATTCATCGCGCCGCCGATc > 1:11312/1‑90 (MQ=255) ccTGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTGCAAAAAGTTATCGACAACATTCATCGCGCCGCCGATCg < 2:1568205/90‑1 (MQ=255) tGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTGCAAAAAGTTATCGACAACATTCATCGCGCCGCCGATCGAc > 1:952581/1‑90 (MQ=255) tGATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTGCAAAAAGTTATCGACAACATTCATCGCGCCGCCGATCGAc > 1:2666542/1‑90 (MQ=255) gATGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTGCAAAAAGTTATCGACAACATTCATCGCGCCGCCGATCGACa > 1:422568/1‑90 (MQ=255) aTGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTGCAAAAAGTTATCGACAACATTCATCGCGCCGCCGATCGACAg < 2:422568/90‑1 (MQ=255) tGGGAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTGCAAAAAGTTATCGACAACATTCATCGCGCCGCCGATCGACAGa < 1:746261/90‑1 (MQ=255) | TTCAATGGGTCGGATTTGCGGGGGCAAATCTGGTGCTGGTAGCCAACGATGAGGTTGCCGAAGATCCGGTACAACAAAACCTGATGGAAATGGTACTGGCAGAAGGGATCGCCGTACGTTTCTGGACGCTGCAAAAAGTTATCGACAACATTCATCGCGCCGCCGATCGACAGA > NZ_CP009273/3273634‑3273807 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |