| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 4,153,816 | T→C | S84P (TCA→CCA) | btuB → | TonB‑dependent vitamin B12 receptor BtuB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 4,153,816 | 0 | T | C | 98.9% | 317.5 / ‑4.0 | 91 | S84P (TCA→CCA) | btuB | TonB‑dependent vitamin B12 receptor BtuB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (37/53); total (37/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
GACCGCTGGCAGTCGACCTCGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCTCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCGGGGGTGAGTGG > NZ_CP009273/4153729‑4153901 | gACCGCTGGCAGTCGACCTCGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCa < 2:364285/90‑1 (MQ=255) ccGCTGGCAGTCGACCTCGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATc < 2:630231/90‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGTCGACCTCGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCt < 1:1088572/90‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGTCGACCTCGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCt < 2:1368732/90‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGTCGACCTCGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCt > 1:328887/1‑90 (MQ=255) gCTGGCAGTCGACCTCGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTa > 2:98532/1‑90 (MQ=255) cGACCTCGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTc < 2:898872/90‑1 (MQ=255) cGACCTCGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTc < 1:2418812/90‑1 (MQ=255) cGACCTCGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTc < 1:1146039/90‑1 (MQ=255) gACCTCGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTTTTcg > 2:1463338/1‑90 (MQ=255) gACCTCGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTcg < 1:1751464/90‑1 (MQ=255) aCCTCGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTcgc < 1:1799360/90‑1 (MQ=255) aCCTCGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTcgc < 2:1067401/90‑1 (MQ=255) aCCTCGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTcgc < 1:1267015/90‑1 (MQ=255) aCCTCGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTcgc < 1:1337009/90‑1 (MQ=255) aCCTCGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTcgc < 2:66225/90‑1 (MQ=255) aCCTCGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTcgc < 2:883818/90‑1 (MQ=255) aCCTCGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTcgc < 2:3010494/90‑1 (MQ=255) ccTCGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTTGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTcgcg < 1:651938/90‑1 (MQ=255) cTCGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTCGCgg < 1:1770698/90‑1 (MQ=255) cTCGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTCGCgg < 2:854137/90‑1 (MQ=255) cGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTTAGGTCCGCTCCCATCTATTTTTATTTGCGGTa > 2:2657686/1‑90 (MQ=255) gTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCTCATCTATTTTTATTCGCGGTACa < 2:2926400/90‑1 (MQ=255) 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ccGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGGCAGCTCCCATCTTTTTTTATTCGCGGGACAAAAGCCAGTCATGGGTTGGGGTTa > 2:1816040/1‑90 (MQ=255) gggCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCACGGCAGATCCCCAATCTTTTTTTTCGCGGAACAAAAGCCAGGCATGTGTTAGCGTTTAt > 1:2160146/1‑90 (MQ=255) cGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCCTCTTTTTTTTTTTGCGGGACAAATGCCAGTCATGCGTTTGTGTTAATTGa > 1:2454668/1‑90 (MQ=255) cGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGGCAGCCCCCATCTATTTTTTTTCGCGGGACAAATGCCAGTCATGTGTTGGGGTTTATTGa > 2:2026376/1‑90 (MQ=255) gTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGAt < 2:1689742/90‑1 (MQ=255) gTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGAt < 2:1591382/90‑1 (MQ=255) gTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGAt < 1:2004122/90‑1 (MQ=255) acagATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGAt < 2:2276385/87‑1 (MQ=255) tCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTTTTCGCGGGAAAAAAGCCAGTCCTGTGTTGGGGTTTATTTATg > 1:1108233/1‑90 (MQ=255) tatCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGt < 1:288629/90‑1 (MQ=255) cccAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGcc < 2:12559/90‑1 (MQ=255) aaaCGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTTTTCGCGGGACAAAAGCCAGTCATGTGTTGGGGGTAATTGATGGCGTACGccctgt > 1:2276385/1‑86 (MQ=255) aaaCGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGc > 1:1488660/1‑51 (MQ=255) aaaCGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGc < 2:1488660/51‑1 (MQ=255) aaaCGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGaa > 2:2448737/1‑90 (MQ=255) aaaCGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGGGGTAATTGATGGCGTACGCCCGaa > 2:1706369/1‑90 (MQ=255) aaaCGGCGGTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGGACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTTATGGCGTACGCCTGaa > 2:1629250/1‑90 (MQ=255) aaaCGGCGGTTCAGGGCAGCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGGACAAAAGCCAGTCATGTGTTGGGGTTAATTGATGGCGGACGCCTGaa > 1:746450/1‑90 (MQ=255) gcggTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTgg < 2:2714999/90‑1 (MQ=255) gcggTTCAGGGCAGCTCCCCTCTTTTTTTTTTCGCGGGACAAAAGCCAGTCATGTGTTGGGGTTTATTTATTGCGGTCGCCCGGATCttg > 1:300876/1‑88 (MQ=255) gTTCAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCgg < 2:905372/90‑1 (MQ=255) caggtcaggtCCCATCTATTTTTTTTCGCGGTTCAAATTCCAGTCATGTTTTGGTGTTAAATGATGGCGTACGCCTGAAACTgggggggg < 1:2833801/90‑1 (MQ=255) cAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCggggg < 2:1529893/90‑1 (MQ=255) cAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCggggg < 1:1809395/90‑1 (MQ=255) cAGGTCAGCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCggggg < 2:2454668/90‑1 (MQ=255) cAGCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCGGGGGTGAGt < 2:2899035/90‑1 (MQ=255) cAGCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCGGGGGTGAGt < 2:1296226/90‑1 (MQ=255) cAGCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCGGGGGTGAGt < 1:26471/90‑1 (MQ=255) gCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGAt > 2:2303635/1‑58 (MQ=255) gCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGAt < 1:2303635/58‑1 (MQ=255) gCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGt < 1:2882015/63‑1 (MQ=255) gCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGt > 2:2882015/1‑63 (MQ=255) gCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCGGGGGTGAGTgg > 2:698481/1‑90 (MQ=255) gCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCGGGGGTGAGTgg > 2:813743/1‑90 (MQ=255) gCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCGGGGGTGAGTgg > 1:546615/1‑90 (MQ=255) gCTCCCATCTATTTTTATTCGCGGGACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGGTAATTGATGGCGTACGCCTGAAGCTGGCGGGGGGGAGTgg > 2:2030931/1‑90 (MQ=255) | GACCGCTGGCAGTCGACCTCGGTCAATGATGTGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCTCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCGGGGGTGAGTGG > NZ_CP009273/4153729‑4153901 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |