Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	NZ_CP009273	3575380	3575407	28	2 [1]	[1] 2	hcp	Hcp1 family type VI secretion system effector

ATAACATTTTGTAAATTAATTGATAAAAGCACTCCATTATTTATTAATTCCATTAACAATAATGAACAATTATTTATGGGATTTGACTTCTATCGAAT  >  NZ_CP009273/3575400‑3575497         |                                                                                          ataACATTTTGTAAATTAATTGATAAAAGCACTCCATTATTTATTAATTCCATTAACAATAATGAACAATTATTTATGGGATTTGACTTc          >  2:356619/1‑90 (MQ=255)         ttGTAAATTAATTGATAAAAGCACTCCATTATTTATTAATTCCATTAACAATAATGAACAATTATTTATGGGATTTGACTTCTATCGaat  >  2:251283/1‑90 (MQ=255)         |                                                                                          ATAACATTTTGTAAATTAATTGATAAAAGCACTCCATTATTTATTAATTCCATTAACAATAATGAACAATTATTTATGGGATTTGACTTCTATCGAAT  >  NZ_CP009273/3575400‑3575497

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑