Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	NZ_CP009273	1164353	1164357	5	4 [0]	[0] 2	comR/bhsA	TetR family copper‑responsive transcriptional repressor ComR/multiple stress resistance protein BhsA

AGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGT  >  NZ_CP009273/1164358‑1164447 |                                                                                          aGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTAtgt  <  2:261852/90‑1 (MQ=255) aGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTAtgt  <  2:275807/90‑1 (MQ=255) |                                                                                          AGATCCCATAAAAATAATTGCTTTCTATTTAACTGAAATTTAAAGATTTTTAAATTAATTAATGATTGTTATAAAAAATATCTTGTATGT  >  NZ_CP009273/1164358‑1164447

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑