Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NZ_CP009273797,5670GT54.5% 9.0 / 16.8 11A75A (GCG→GCT) ybhIanion permease
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (5/0);  new base T (0/6);  total (5/6)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.16e-03
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.28e-03
Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff.
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

GGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAT‑GGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTA  >  NZ_CP009273/797480‑797634
                                                                                        |                                                                   
ggTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAT‑GGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGtt                                                                   >  1:287355/1‑90 (MQ=255)
                  ggAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAT‑GGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTAtt                                                 >  2:407726/1‑90 (MQ=255)
                             ttcTGTTAATTCCCGTT‑CCGCCCCAATGGGGGGTGGTGGTTAATTTACCCGGCGGTGCTTTAAAACCCCCCGCCGTATTAAGCGGTTAct                                      <  1:257665/88‑1 (MQ=255)
                                 gTTATTTGCCGTTCCGCCCCAAAG‑GGGGGGGGTGGGTAACTTACCCGGGGGGGCTTTAAAACCCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTc                                  <  1:87866/90‑1 (MQ=255)
                                 gTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAT‑GGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTc                                  >  2:256307/1‑90 (MQ=255)
                                   tAATTGCCGTTGCTGCCTCAAT‑GGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAg                                >  2:10779/1‑90 (MQ=255)
                                     atggCCTTTCCTCCCTCATG‑GGTGGGGGTGGGTATTTCCTCCGCCGGTGCTTTAAAACCCCCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGt                              <  1:256307/87‑1 (MQ=255)
                                     aTTCCCGTTGCTGCCTCAAT‑GGTGGTGGTCGGTAATTTATCCGACGGTGCTTTTAAAACCCCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGt                              <  1:90267/90‑1 (MQ=255)
                                                          ggtggtggtGGGTAACTTACCCGGGGGTGCTTTAAAACCCCCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTtctc          <  1:10779/90‑1 (MQ=255)
                                                             ggtggtCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGc       >  1:1710/1‑90 (MQ=255)
                                                                  tgggTAACTTACCCGAGGGTGCTTTAAAACCCCCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTa  <  2:287355/88‑1 (MQ=255)
                                                                                        |                                                                   
GGTTATCAAGCCTTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAAT‑GGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAACCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTA  >  NZ_CP009273/797480‑797634

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑