| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 1,562,985 | A→C | P32P (CCT→CCG) | digH ← | glycoside hydrolase family 10 protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,562,985 | 0 | A | C | 91.7% | 73.2 / ‑0.6 | 24 | P32P (CCT→CCG) | digH | glycoside hydrolase family 10 protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base C (6/16); total (7/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
GCCAGATGCCACGCATCGGTTGTGACGATTGTTGCGTCGTGGCTGGTGGCTTTGAACCTGCTGGTGGTGTCACCATGGACTCTGGAGGCGTGCTTTTACAACTACACAGTAAAAGTGCCAGTGCAACTAGTATCGCTGGTCTTCTAATCGTTAATTTCTTGTTTCGGGAGCAG > NZ_CP009273/1562900‑1563072 | gccagATGCCACGCATCGGTTGTGACGATTGTTGCGTCGTGGCTGGTGGCTTTGAACCTGCTGGTGGTGTCACCATGGACTCTGgcggcg > 2:93483/1‑90 (MQ=255)gccagATGCCACGCATCGGTTGTGACGATTGTTGCGTCGTGGCTGGTGGCTTTGAACCTGCTGGTGGTGTCACCATGGACTCTGgcggcg > 1:119193/1‑90 (MQ=255) cagATGCCACGCATCGGTTGTGACGATTGTTGCGTCGTGGCTGGTGGCTTTGAACCTGCTGGTGGTGTCACCATGGACTCTGGCGGCGTg < 2:116196/90‑1 (MQ=255) aTGCCACGCATCGGTTGTGACGATTGTTGCGTCGTGGCTGGTGGCTTTGAACCTGCTGGTGGTGTCACCATGGACTCTGGCGGCGTGCtt > 1:313906/1‑90 (MQ=255) aTGCCACGCATCGGTTGTGACGATTGTTGCGTCGTGGCTGGTGGCTTTGAACCTGCTGGTGGTGTCACCATGGACTCTGGCGGCGTGCtt < 2:119193/90‑1 (MQ=255) cACGCATCGGTTGTGACGATTGTTGCGTCGTGGCTGGTGGCTTTGAACCTGCTGGTGGTGTCACCATGGACTCTGGCGGCGTGCTTTTAc < 1:569698/90‑1 (MQ=255) tCGGTTGTGACGATTGTTGCGTCGTGGCTGGTGGCTTTGAACCTGCTGGTGGTGTCACCATGGACTCTGGCGGCGTGCTTTTACAACTac < 1:195052/90‑1 (MQ=255) ggTTGTGACGATTGTTGCGTCGTGGCTGGTGGCTTTGAACCTGCTGGTGGTGTCACCATGGACTCTGTCGGCGTGCTTTTACAACTacac < 1:644632/90‑1 (MQ=255) ggTTGTGACGATTGTTGCGTCGTGGCTGGTGGCTTTGAACCTGCTGGTGGTGTCACCATGGACTCTGGCGGCGTGCTTTTACAACTacac < 2:115523/90‑1 (MQ=255) ggTTGTGACGATTGTTGCGTCGTGGCTGGTGGCTTTGAACCTGCTGGTGGTGTCACCATGGACTCTGGCGGCGTGCTTTTACAACTacac < 2:60588/90‑1 (MQ=255) ttGTGACGATTGTTGCGTCGTGGCTGGTGGCTTTGAACCTGCTGGTGGTGTCACCATGGACTCTGGCGGCGTGCTTTTACAACTACACAg < 1:558933/90‑1 (MQ=255) ttgttgCGTCGTGGCTGGTGGCTTTGAACCTGCTGGTGGTGTCACCATGGACTCTGGCGGCGTg < 1:677005/64‑1 (MQ=255) ttgttgCGTCGTGGCTGGTGGCTTTGAACCTGCTGGTGGTGTCACCATGGACTCTGGCGGCGTg > 2:677005/1‑64 (MQ=255) tgttgCGTCGTGGCTGGTGGCTTTGAACCTGCTGGTGGTGTCACCATGGACTCTGGCGGCGTGCTTTTACAACTACACAGTAAAAGTGcc < 1:219915/90‑1 (MQ=255) ttgCGTCGTGGCTGGTGGCTTTGAACCTGCTGGTGGTGTCACCATGGACTCTGGCGGCGTGCTTTTACAACTACACAGTAAAAGTGCCAg < 1:704650/90‑1 (MQ=255) gCGTCGTGGCTGGTGGCTTTGAACCTGCTGGTGGTGTCACCATGGACTCTGGCGGCGTGCTTTTACAACTACACAGTAAAAGTGCCAGTg < 2:158534/90‑1 (MQ=255) gtGGCTGGTGGCTTTGAACCTGCTGGTGGTGTCACCATGGACTCTGGCGGCGTGCTTTTACAACTACACAGTAAAAGTGCCAGTGCAACt < 2:308594/90‑1 (MQ=255) tgctgGTGGTGTCACCATGGACTCTGGCGGCGTGCTTTTACAACTACACAGTAAAAGTGCCAGTGCAACTAGTATCGCTGGCCTTCTAAt > 2:770781/1‑90 (MQ=255) gtgtCACCATGGACTCTGGCGGCGTGCTTTTACAACTACACAGTAAAAGTGCCAGTGCAACTAGTATCGCTGGTCTTCTAATCGTTAAtt < 1:744559/90‑1 (MQ=255) gtCACCATGGACTCTGGAGGCGTGCTTTTACAACTACACAGTAAAAGTGCCAGTGCAACTAGAATCGCTGGTCTTCTAATCGTTAATTTc > 1:9546/1‑90 (MQ=255) cATGGACTCTGGCGGCGTGCTTTTACAACTACACAGTAAAAGTGCCAGTGCAACTAGTATCGCTGGTCTTCTAATCGTTAATTTCTTGtt > 2:213687/1‑90 (MQ=255) tGGACTCTGGCGGCGTGCTTTTACAACTACACAGTAAAAGTGCCAGTGCAACTAGTATCGCTGGTCTTCTAATCGTTAATTTCTTGTTTc < 2:1001565/90‑1 (MQ=255) tGGACTCTGGCGGCGTGCTTTTACAACTACACAGTAAAAGTGCCAGTGCAACTAGTATCGCTGGTCTTCTAATCGTTAATTTCTTGTTTc > 2:690582/1‑90 (MQ=255) ctGGCGGCGTGCTTTTACAACTACACAGTAAAAGTGCCAGTGCAACTAGTATCGCTGGTCTTCTAATCGTTAATTTCTTGTTTCGGGAGc > 2:206300/1‑90 (MQ=255) tGGCGGCGTGCTTTTACAACTACACAGTAAAAGTGCCAGTGCAACTAGTATCGCTGGTCTTCTAATCGTTAATTTCTTGTTTCGGGAGCa < 1:93483/90‑1 (MQ=255) ggAGGCGTGCTTTTACAACTACACAGTAAAAGTGCCAGTGCAACTAGTATCGCTGGTCTTCTAATCGTTAATTTCTTGTTTCGGGAGCAg < 2:9546/90‑1 (MQ=255) | GCCAGATGCCACGCATCGGTTGTGACGATTGTTGCGTCGTGGCTGGTGGCTTTGAACCTGCTGGTGGTGTCACCATGGACTCTGGAGGCGTGCTTTTACAACTACACAGTAAAAGTGCCAGTGCAACTAGTATCGCTGGTCTTCTAATCGTTAATTTCTTGTTTCGGGAGCAG > NZ_CP009273/1562900‑1563072 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |