| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 3,781,385 | 0 | T | G | 53.7% | 79.1 / 100.6 | 67 | G396G (GGT→GGG) | envC | murein hydrolase activator EnvC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/23); new base G (36/0); total (44/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.49e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.06e-11 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCTATAATCAGAGCGCACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGTCAGGCGGTCAATCCACAGCCGTGGTTGGGAAGATAAGTTTTG > NZ_CP009273/3781297‑3781463 | gCTATAATCAGAGCGCACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTc < 2:389124/90‑1 (MQ=255) cTATAATCAGAGCGCACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTCg < 1:1380328/90‑1 (MQ=255) cTATAATCAGAGCGCACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGGCg > 2:298844/1‑90 (MQ=255) cTATAATCAGAGCGCACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGGCg > 2:1118953/1‑90 (MQ=255) agagCGCACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTCGGCCTTCAc < 1:2057793/90‑1 (MQ=255) gagCGCACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCCGGGGGGGCCCTCAct > 1:785993/1‑90 (MQ=255) gagCGCACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGGCGGGCTTCCct > 1:644749/1‑90 (MQ=255) gagCGCACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGGCGGGCCTCAct > 2:1498532/1‑90 (MQ=255) gagCGCACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGGCGGCCTTCAct > 2:802223/1‑90 (MQ=255) gagCGCACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGGCGGCCTTCAct > 2:66028/1‑90 (MQ=255) gagCGCACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGGCGGCCTTCAct > 2:656533/1‑90 (MQ=255) gagCGCACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGGCGGCCTTCAct > 2:1607890/1‑90 (MQ=255) gagCGCACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGGCAGGGGGGGCCTTCAcc > 1:965225/1‑89 (MQ=255) gagCGCACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGGCAGGGGCGGCCTTCAct > 1:1992215/1‑90 (MQ=255) cACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGGCGGCCTTCACTCTAtt > 2:1604937/1‑90 (MQ=255) gTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGGCGGCCCTCACCCTATTTCGaa > 1:621021/1‑90 (MQ=255) gAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTCGGCCTTCActc > 2:1383778/1‑79 (MQ=255) gAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTCGGCCTTCActc < 1:1383778/79‑1 (MQ=255) gAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGGCGGCCTTCACTCTATTTCGAAAt > 2:1183094/1‑90 (MQ=255) cGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGGCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTcg > 2:220653/1‑90 (MQ=255) gTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTcgc < 2:57618/90‑1 (MQ=255) ttGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTAGCGGTCAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTcgcc > 1:23403/1‑90 (MQ=255) ggTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTTGAAAATcgccgc > 1:1178106/1‑90 (MQ=255) ggTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGGCGGCCTTCACTCTATTTTGAAATTcgccgc > 2:2040486/1‑90 (MQ=255) ggTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGGCGGCCTTCACTCTATTTTGAAATTcgccgc > 1:713354/1‑90 (MQ=255) ggTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGGCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTcgccgc > 2:742566/1‑90 (MQ=255) ggTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGGCGGCCCTCCCCCTATTTTGGAAATcgccgc > 1:435519/1‑90 (MQ=255) ggTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGGCAGGGGGGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTtgccgc > 1:1667229/1‑90 (MQ=255) ggTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGGCAGGGGCGGGCTTCACTCTATTTTGAAATTtgccgc > 2:1536272/1‑90 (MQ=255) ggTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGGCAGGGGCGGGCCTCCCCCTCTTTCGGAATTtgccgc > 1:1205227/1‑90 (MQ=255) ggTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGGCAGGGGCGGCCTTCCCTCTATTTTGAAATTcgccgc > 1:325130/1‑90 (MQ=255) ggTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGGCAGGGGCGGCCTTCCCTCTATTTCGGAATTcgccgc > 1:1814066/1‑90 (MQ=255) ggTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGGCAGGGGCGGCCTTCACTCTATTTTGAAATTcgccgc > 1:1490737/1‑90 (MQ=255) gCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGGCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCCggg > 2:1905258/1‑90 (MQ=255) ttCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGTCAgg < 1:1649800/90‑1 (MQ=255) tCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTCGGcc > 2:1796794/1‑54 (MQ=255) tCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTCGGcc < 1:1796794/54‑1 (MQ=255) cgcgcgGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGTCAGGCg < 1:1943015/90‑1 (MQ=255) gcgGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGTCAGGCGGTc < 1:27946/90‑1 (MQ=255) gcgGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGTCAGGCGGTc < 2:1205227/90‑1 (MQ=255) gcgGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGTCAGGCGGTc < 2:1756090/90‑1 (MQ=255) gcgGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGTCAGGCGGTc < 2:1575246/90‑1 (MQ=255) gcgGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGTCAGGCGGTc < 1:438418/90‑1 (MQ=255) gcgGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGTCAGGCGGTc < 2:1526048/90‑1 (MQ=255) gcgGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCAGTCAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGTCAGGCGGTc < 1:404643/90‑1 (MQ=255) gggCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGTCAGGCGGTCaa < 2:1472715/90‑1 (MQ=255) ccAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGTCAGGCGGTCAATcc < 2:1479968/90‑1 (MQ=255) aGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGGGGTCAGGGTCGGCCTTCCCTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGTCAGGCGGTCAATCcac < 2:170793/90‑1 (MQ=255) ttGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTc > 1:507663/1‑57 (MQ=255) ttGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTc < 2:507663/57‑1 (MQ=255) ttGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGGCGGCCTTCACTCTATTTTGAAATTCGCCGCCCGGGGCAGGCGGGCAATCCCCAGCCGt > 1:492880/1‑90 (MQ=255) cTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGGCGGCCTTCACTCTATTTCGGAAATCTCCGCCAGGGTCCGGCGGTCAATCCCCATCCGTGGGTg > 2:1093026/1‑90 (MQ=255) ggtggGCAGCAGTGGCGGTCAGGGGCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTTGCCGCCAGGGGCAGGCGGGCAATCCACAGCCGGGGGTggg > 2:1206356/1‑90 (MQ=255) gtggGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGTCAGGCGGTCAATCCACAGCCGTGGTTGGGa < 1:80361/90‑1 (MQ=255) gcagcaGTGGCGGTCAGGGGCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGGCAGGCGGGCAATCCCCAGCCGGGGGTGGGGAGAt > 1:138573/1‑90 (MQ=255) cagcagTGGCGGTCAGGGGCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGGCAGGGGGGCAATCCACAGCCGGGGTTGGGGAGATa > 1:1614083/1‑90 (MQ=255) agTGGCGGTCAGGGTCGGGCTTCCCTCTATTTTGGAATTCGCCGCCAGGGTCAGGCGGTGAATCCACAGGCCGGGTTGGGGAGATAAGtt > 2:508684/1‑90 (MQ=255) agTGGCGGTCAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTcgc < 2:1686764/42‑1 (MQ=255) agTGGCGGTCAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGTCAGGCGGTc < 1:1896151/60‑1 (MQ=255) agTGGCGGTCAGGGTCGGCCCTCACTCTCTTTCGAAATTCGCCGCCAGGGGCAGGCGGGCAAACCCCAGCCGGGGTTGGGGAGATAAGtt > 1:1015330/1‑90 (MQ=255) agTGGCGGTCAGGGGCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTcgc > 1:1686764/1‑42 (MQ=255) agTGGCGGTCAGGGGCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGTCAGGCGGTc > 2:1896151/1‑60 (MQ=255) agTGGCGGGCAGGGGCGGCCTTCACTCTATTTTGAAAATTGCCGCCCGGGGCAGGGGGGGAATCCACAGCCGGGGGTGGGGAGAAAAGtt > 1:1430863/1‑90 (MQ=255) ggCGGTCAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGTCAGGCGGTc < 1:1316407/57‑1 (MQ=255) ggCGGTCAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGTCAGGCGGTc > 2:1316407/1‑57 (MQ=255) ggCGGTCAGGGGCGGCCTTCACTCTATTTTGAAAATCGCCGCCCGGGGCAGGCGGGCAAACCACAGCCGTGGGTGGGGAGATAAGGTTTg > 1:1508026/1‑90 (MQ=255) ggCGGTCAGGGGCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTTGCCGCCCGGGGCAGGGGGGCAATCCCCAGCCCTGGGTGGGGAGATAAGTTTTg > 1:1980933/1‑90 (MQ=255) | GCTATAATCAGAGCGCACTGGTGAGCGTTGGTTCGCAGGTTCGCGCGGGCCAGCCGATTGCACTGGTGGGCAGCAGTGGCGGTCAGGGTCGGCCTTCACTCTATTTCGAAATTCGCCGCCAGGGTCAGGCGGTCAATCCACAGCCGTGGTTGGGAAGATAAGTTTTG > NZ_CP009273/3781297‑3781463 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |