| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 765,675 | 0 | A | C | 52.4% | 74.7 / 83.3 | 64 | T748P (ACC→CCC) | mngB | mannosylglycerate hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/10); new base C (0/33); total (20/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.23e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.97e-08 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTGGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATGGGATG > NZ_CP009273/765589‑765762 | cTGGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCg > 2:1703649/1‑90 (MQ=255) gggCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGt > 2:1665569/1‑90 (MQ=255) gggCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGt > 1:751199/1‑90 (MQ=255) gcCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGcc > 1:1819275/1‑90 (MQ=255) ccTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCa > 2:1167644/1‑90 (MQ=255) ccTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCa > 1:721371/1‑90 (MQ=255) ccTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCa > 1:2004440/1‑90 (MQ=255) ccTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCa > 1:1458595/1‑90 (MQ=255) cTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCaa > 2:27821/1‑90 (MQ=255) tCGGGAATTAAAATGCCAGCCCCGGACCCACAACTCCGTGGTCTGTTTTTTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTCCGCCAAcc < 1:2012128/90‑1 (MQ=255) cGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAAccg > 1:1616827/1‑90 (MQ=255) cGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAAccg > 2:99425/1‑90 (MQ=255) ataaaaaTGCCAGCCCCGGACCCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCt < 2:1809882/87‑1 (MQ=255) ataaaaaTCCCACTCCCGGCCCCACAACTACGTGGTCTGCTTTTTTGTCGCCTAATTTTATTGATTTATCCCGTTACGCCAACCGCCGCt < 2:1200763/87‑1 (MQ=255) aTTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCt > 2:1397774/1‑90 (MQ=255) aTTAAAATGCCAGTCCCGGACTCAAAACTACGGGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCt < 2:226579/90‑1 (MQ=255) aaTGCCAGCCCCGGACTCACAACTCGGTGGTTTGTTTTTTTGGCGCCTAATTTTATTGAGTTATACCGGTACCCCAACCGCCGCTGgtgt < 2:1996353/90‑1 (MQ=255) gCCAGTCCCGGACTCACACCTCCGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGc < 1:513979/90‑1 (MQ=255) cAGCCCCGGACTCACAACTCCGTGGTCTGTTTTTTTGTCGCTTAATTTTTTTGAGTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTc < 1:875127/90‑1 (MQ=255) aGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTca > 1:1969571/1‑90 (MQ=255) aGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTca > 2:747435/1‑90 (MQ=255) aGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCACCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTca > 2:869821/1‑90 (MQ=255) cccGGCCTCACAACTTCGTGGTTTGCTTTTTTGGCGCCTAAGTTTATTGATTTATCCCGGTTCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTcagca < 2:1199991/90‑1 (MQ=255) ccaACTCCGTGTTCTGTTTTTTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGc < 1:259042/89‑1 (MQ=255) aCGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCt > 1:463099/1‑90 (MQ=255) gggggTTTGTTTTTTTGTCGCCTAATTTTTTTGAGTTATCCGGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:1458595/87‑1 (MQ=255) cggggTCTGCTTTCTTGTCGCTTAATTTTTTTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:181820/87‑1 (MQ=255) cggggTCTCCTTTCTTGTCGCCTAGTTTTTTTGATTTATCCCGGTCCGCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:1691646/87‑1 (MQ=255) cGTGTTCTCTTTTCTTGCCGCCTAAGTTTTTTGATTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:1820875/90‑1 (MQ=255) cGTGGTTTGTTTTTTTGTCCCCTAATTTTTTTGATTTATACCGGTACCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:1086833/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTTCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTTTTGAGTTATCCGGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:1665569/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTTTTGTGGCCTATGTTTATTGATTTATGCCGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:444174/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTTTTGTCGCCTATTTTTTTTGATTTATCCCGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:1785185/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTTTTGTCGCCTAATTTTTTTGATTTATCCCGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:1167644/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:1485712/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:830326/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGATTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:652328/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGTCCCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:1165679/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGTCCCCTAAGTTTATTGATTTATCCCGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:747435/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGCCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:1302809/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTCCTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:2004440/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTTTTTTCCCCTAATTTTTTTGAGTTATCCCGGTCCGCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:869821/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTTTTGTCGCCTAATTTTTTTGGGTTATCCCGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:1573939/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:985790/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:781460/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:721371/90‑1 (MQ=255) acgggTCTGTTTTCTTGTCGCCTAATTTTTTTGAGTTATCCCGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCCGGCGCGAGCATGGCTg < 1:1560179/87‑1 (MQ=255) tgttCTGTTTTCTTGTCGCCTAATTTTTTTGATTTATCCCGGTCCCCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGAc < 1:1069013/87‑1 (MQ=255) tGGTCTGTTTTTTTGCCGCCTAAGTTTTTTGAGTTATCCCGGTTCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGAc < 2:1801487/90‑1 (MQ=255) tGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGAc < 2:362574/90‑1 (MQ=255) tCTGTTTTTTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTcc < 2:1277631/90‑1 (MQ=255) tttCTTGCCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTAc < 2:1608097/90‑1 (MQ=255) ttCTTGTCGCCTAATTTTATTGATTTATCCGGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGGGAGCATGGCTGACTCCAGTACa < 1:1254011/90‑1 (MQ=255) ttGTCGCCTAGGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTAcctgt > 2:1560179/1‑86 (MQ=255) cGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTac < 2:348677/90‑1 (MQ=255) gattttATTGATTTATCCCGGTCCGCAACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCTAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTAcaacaa < 2:1692734/87‑1 (MQ=255) aaGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTAcaacaa > 1:817944/1‑90 (MQ=255) ttttATTGGGTTATCCGGGTGCCCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACaaaa < 1:1811183/89‑1 (MQ=255) ttttATTGAGTTATACCGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACaaaa < 2:1934239/89‑1 (MQ=255) ctttATTGAGTTCTAGCGGTCCGCCCCCCGCCGCTGGTGTAGCCCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACaaaa < 1:1364961/89‑1 (MQ=255) tGATTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCAt < 2:817944/90‑1 (MQ=255) atttATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATgg < 2:182474/88‑1 (MQ=255) gTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCTAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATggc > 1:1692734/1‑89 (MQ=255) ttATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCTTGGGa > 1:1165606/1‑90 (MQ=255) tataCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATGGGAt > 1:969279/1‑90 (MQ=255) ataCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATGGGAtg > 2:99787/1‑90 (MQ=255) | CTGGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATGGGATG > NZ_CP009273/765589‑765762 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |