| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,430,446 | 0 | A | C | 54.5% | 20.3 / 26.0 | 22 | G235G (GGT→GGG) | ompN | porin OmpN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/3); new base C (0/12); total (7/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.04e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-04 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACG‑CGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTA > NZ_CP009273/1430365‑1430528 | aCGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACG‑CGTCTGCTTTATCACCACccgc > 1:415596/1‑90 (MQ=255) cgctTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATTTTTTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACG‑CGTCTGCTTTATCCCCCCccgcc < 2:97082/90‑1 (MQ=255) ttCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACG‑CGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGt < 2:96398/90‑1 (MQ=255) ttCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACG‑CGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGt > 2:522727/1‑90 (MQ=255) ttCTAAATACATGGTTGCCAGGTAAATTTTTTTAGCATCGTTTTTTAGCCCAGCAGCCCACG‑CGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGt < 2:530263/90‑1 (MQ=255) cATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACG‑CGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAAc > 1:530263/1‑90 (MQ=255) ggTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACG‑CGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTg < 1:195321/90‑1 (MQ=255) gCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACG‑CGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCa > 1:317776/1‑90 (MQ=255) tAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCACCAGCCCACG‑CGTCTGTTTTATCCCCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTg < 2:569983/90‑1 (MQ=255) aaaTTTTGTCAACTTCCTATTTTACCCCAGCACCCCACT‑GCCCTTCTTTACCCCCCACCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGc < 1:490509/90‑1 (MQ=255) gTTAGCATCTTATTTTAGCCCAAC‑GCCCCCGCCATCTGTTTTACCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCaga < 2:11461/90‑1 (MQ=255) gTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCCCG‑CGTCTGCTTTATCACCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCaga < 1:610143/90‑1 (MQ=255) tAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCCCG‑CGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCagaag < 1:240507/90‑1 (MQ=255) ttttttAGCCCAGCAGCCCACG‑CGTCTGTTTTACCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTAt < 1:525465/88‑1 (MQ=255) gCCCAGCAGTCCACG‑CGTCTGCTTTATCACCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTg < 1:558710/55‑1 (MQ=255) gCCCAGCAGTCCACG‑CGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTg > 2:558710/1‑55 (MQ=255) cccAGCAGCCCACG‑CGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCAcc < 1:531895/90‑1 (MQ=255) cagcagCCCCCG‑CGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAg < 1:517297/90‑1 (MQ=255) g‑cgTCTGTTTTTTCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGccc < 2:658068/90‑1 (MQ=255) cTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGc > 2:443707/1‑90 (MQ=255) cTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGc > 2:570713/1‑90 (MQ=255) cTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTa < 1:68004/90‑1 (MQ=255) | ACGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACG‑CGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTA > NZ_CP009273/1430365‑1430528 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |