| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 3,806,452 | 0 | T | C | 54.2% | ‑3.7 / 26.2 | 24 | L121P (CTC→CCC) | coaBC | bifunctional phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate‑‑cysteine ligase CoaBC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/3); new base C (0/13); total (8/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.24e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGG > NZ_CP009273/3806367‑3806538 | gATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTcccc > 2:401507/1‑90 (MQ=255) tggctgcCGGAATGGCGAATGCCCTGGTCCCGACGTTTTGTCTGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGa < 2:764880/88‑1 (MQ=255) aTGGCGAATGACCGGGTATCGACGATTTGTCTGGCTCCCCCCGCCCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGcc < 1:486466/90‑1 (MQ=255) gacgggTACCGCCGTTTTGTCTGGCTACCCCGGCGCCTGTGGCCGGGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACgc < 2:499197/86‑1 (MQ=255) cccTGGTATCGACTTTTTGTCTGGCTCCCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACgc < 2:282770/89‑1 (MQ=255) cccTGGTATCGACGTTTTGTCTGCCTCCCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACgc < 2:638570/89‑1 (MQ=255) gTATCGACGATTTGTCTGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCAt < 1:107930/90‑1 (MQ=255) gTATCGACGATTTGTCTGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCAt < 1:203176/90‑1 (MQ=255) gTATCGACATTTTGTCTGGCTCCCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCAt < 1:700874/90‑1 (MQ=255) gTAGCGACGTTTTGTCGGCCTACCCCTCCCCCTGTAGCCGTCCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCAt < 1:634487/90‑1 (MQ=255) gTACCGAGGATTTGCCGGGCTACCCCCGCCCCTGTACCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCAt < 2:436245/90‑1 (MQ=255) gacgtTTTGTCTGGCTCCCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACcagca < 1:673741/57‑1 (MQ=255) gacgaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACcagca > 2:673741/1‑57 (MQ=255) gacgaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAAttt > 1:282770/1‑90 (MQ=255) aTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTagag > 1:399239/1‑90 (MQ=255) aTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTagag < 1:293218/90‑1 (MQ=255) tCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGtgct > 1:776003/1‑90 (MQ=255) gggCTCCCCCTGCCCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGtgcttg < 2:100114/89‑1 (MQ=255) gggCTACCCCTGCCCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGtgcttg < 1:668160/89‑1 (MQ=255) gcgcCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGt > 2:273147/1‑90 (MQ=255) gcgcCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGt > 1:138456/1‑90 (MQ=255) ccccTTTAGCCGTCCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGtt < 2:399239/88‑1 (MQ=255) cGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTg < 1:401507/90‑1 (MQ=255) tGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTggg > 2:157023/1‑90 (MQ=255) | GATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGG > NZ_CP009273/3806367‑3806538 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |