| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 3,751,028 | 0 | C | T | 56.2% | 0.7 / 33.9 | 32 | A54T (GCA→ACA) | yiaY | L‑threonine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/3); new base T (0/18); total (11/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.82e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.99e-05 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTTCAAACCTGCGGCGACGTTTTCCGTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGC > NZ_CP009273/3750942‑3751109 | tttCAAACCTGCGGCGACGTTTTCCGTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCttt > 2:16403/1‑90 (MQ=255) ggcgCCTTTTTCCGTGGGGGGGTTAGGTTGGGTCCCATAAAAAAAACCCCAAAAAATTTTGTTTTCTTCCAGTGTTTTTTGCACACcgcc < 1:138270/90‑1 (MQ=255) ggtggGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAAttt > 2:914125/1‑90 (MQ=255) ggtggGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAAttt > 2:193900/1‑90 (MQ=255) ggggggtTTAGGTTGGGTACAATCAAAAATACCTAAAAAAATTTTCCTTTCTTCCATTTTTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAAttt < 1:16403/87‑1 (MQ=255) ggggTTGGGTGGGGTCCCATAAAAAAAAACGCAAAAAATTTTGCTTTCTCCCAGTGTTTTTTGCACACCGCCCGCCATACCTAATTTCGt < 1:426938/90‑1 (MQ=255) ggggTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGt > 2:353403/1‑90 (MQ=255) ggggTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGt > 2:32671/1‑90 (MQ=255) ggggTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGt < 2:237483/90‑1 (MQ=255) gTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACatat > 1:751548/1‑90 (MQ=255) gTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTCCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACatat < 2:571688/90‑1 (MQ=255) gTTGGGTGCCATCAAAAAAAACGCAAAAAATATTGCTTTCTTCCAGTGTTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACatat < 2:971831/90‑1 (MQ=255) gggTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGt > 1:827244/1‑90 (MQ=255) gggTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGt > 1:21662/1‑90 (MQ=255) gggTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGt > 2:813170/1‑90 (MQ=255) ctatcatAAATACCGTAAAAAATTTTGCTTTCTTCCTGTGTTTTTTGCCCATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTg < 1:889599/88‑1 (MQ=255) ccATCATAAATAACGCAAAAAATATTGCTTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTg < 2:406626/90‑1 (MQ=255) ccATAAAAAATAACGAAAAAAATTTTGCTTTCTTCCATTTTTTTTTGCACACCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTg < 1:481349/90‑1 (MQ=255) caatcaaAAATAACCAAAAAAATTTTGCTTTTTCCCAGTTTTTTTTCCACATCCCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTg < 1:966824/88‑1 (MQ=255) taaaaaataaCGCAAAAAATTTTGCTTTCTTCCAGTTTTTTTTCCACACCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACa < 1:193900/86‑1 (MQ=255) ataaataaCGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAAt > 2:85009/1‑90 (MQ=255) aCGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTa > 2:857549/1‑90 (MQ=255) cgaaaaaaaTATTGCTTTCTTCCAGTGTTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTAc < 2:1060950/86‑1 (MQ=255) aaaaTTTTGTTTTCTTCCAGTTTTTTTTCCACACCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTa < 1:816069/90‑1 (MQ=255) aaaaTTTTGCTTTCTTCCAGTGTTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTa < 2:287877/90‑1 (MQ=255) aaaaTTTTGCTTTCTTCCAGTGTTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTa < 2:730675/90‑1 (MQ=255) aaaTTTTGCTTTCTTCCAGTTTTTTTTGCACATCCCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTaa < 1:230433/90‑1 (MQ=255) aaaTTTTGCGTTCTTCCAGTTTTTTTTCCACATCCCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTaa < 2:704383/90‑1 (MQ=255) tGCTTTCTTCCATTTTTTTTTCCACACCCCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCAt < 1:629687/90‑1 (MQ=255) ttcCATTGTTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGc < 1:270969/90‑1 (MQ=255) ttcCAGTTTTTTTTGCACACCCCCCGCCATACCTAATTTTGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGc < 1:891023/90‑1 (MQ=255) tcccAGTCTTTTTTCCACCTCCCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGc < 1:1084884/88‑1 (MQ=255) | TTTCAAACCTGCGGCGACGTTTTCCGTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGC > NZ_CP009273/3750942‑3751109 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |