| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP009273 | 4506708 = | 25 (0.860) | 3 (0.120) | 3/152 | 2.0 | 10.3% | coding (827/954 nt) | fecR | fec operon regulator FecR |
| ? | NZ_CP009273 | 4506742 = | 30 (1.150) | coding (793/954 nt) | fecR | fec operon regulator FecR | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AGGATCGCATCGGTATTTTTCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATGTCCTTCGTCCAGCTTGT > NZ_CP009273/4506657‑4506817 | aGGATCGCATCGGTATTTTTCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTaa < 1:93059/90‑1 (MQ=255) ggATCGCATCGGTATTTTTCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAAc < 2:742139/90‑1 (MQ=255) ttcagcgataaaccgctgggtgaggtgatagccacgctaacccgttaccGCAACGGCGGGATCCCAGCGCAGCACGCCGCTGCGGGAACg < 1:627225‑M1/41‑1 (MQ=255) gCATCGGTATTTTTCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGtt > 2:696034/1‑90 (MQ=255) cGGTATTTTTCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCg < 2:115054/90‑1 (MQ=255) aacccgctgggtgaggtgatagccacgctaccccgttaccgcaacggcgtgctgcgctgcgatcccgccgttgcGGTAACGGGTTAGCGt < 2:272513‑M2/16‑1 (MQ=255) tttttCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCt < 2:830738/90‑1 (MQ=255) tttttCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCt < 1:619566/90‑1 (MQ=255) tttCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTAt < 2:75938/90‑1 (MQ=255) tggggtgatacccccgctaacccgttcccgcacgggcgtgctgcgctgcgatcccgccgttgcGGTAACGGGTTAGCGTGGCTAtcacct < 1:698783‑M2/27‑1 (MQ=255) gCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATTCCAGCGCAGCACGCCGGTGGGGGAACGGGTTAGCGGGGCTAtcaccc > 1:93245/1‑89 (MQ=255) gCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTAtcacct < 1:336758/90‑1 (MQ=255) aggtgatagccacgctaacccgttaccGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCCGTGCGGGAACGGGTTAGCGGGGgtatcacccca < 1:698783‑M1/63‑4 (MQ=255) gTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGc < 2:363981/90‑1 (MQ=255) gTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGc < 2:482723/90‑1 (MQ=255) cGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGtt > 2:578684/1‑90 (MQ=255) acgctaacccgttaccGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGGTAGCGTGGCTATCACCTCACCCagcgggtt < 2:272513‑M1/74‑4 (MQ=255) cgcAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTg < 2:138186/90‑1 (MQ=255) gcAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGa < 2:702504/90‑1 (MQ=255) gcAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGa < 2:465115/90‑1 (MQ=255) cgttcccgcagcggcgtgctgcgctgggatcccgccgttgcGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGaa < 1:627225‑M2/49‑1 (MQ=255) cAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGaa < 1:456104/90‑1 (MQ=255) gCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGGGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGc > 2:57277/1‑90 (MQ=255) ccGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTc < 2:481757/90‑1 (MQ=255) cAACGGCGGGATCGCAGCGCCCCACGCCGGTGCGGTAACCGGTGAGCGTGGCGATCCCCTCACCCCCGGGGTTATCCCGGAAGCGCAggg > 1:655598/1‑89 (MQ=255) CAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGa > 2:498148‑M1/1‑90 (MQ=255) CAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGa > 2:507175‑M1/1‑90 (MQ=255) ACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATg > 1:835868‑M1/1‑90 (MQ=255) GGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGtt < 2:726991‑M1/40‑1 (MQ=255) GGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGtt > 1:726991‑M1/1‑40 (MQ=255) tCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATGTCCTTCGTc < 2:127267/90‑1 (MQ=255) tCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATGTCCTTCGTc < 1:157079/90‑1 (MQ=255) gcagcgcagcACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATg < 1:743661/79‑1 (MQ=255) gcagcgcagcACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATg > 2:743661/1‑79 (MQ=255) gcagcgcagcACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATGTCCTTCGTc > 1:777689/1‑88 (MQ=255) gcagcgcagcACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATGTCCTTCGTc < 2:777689/88‑1 (MQ=255) gcagcgcagcACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATGTCCTTCGTCCa < 1:516989/90‑1 (MQ=255) gcagcgcagcACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATGTCCTTCGTCCa < 1:407601/90‑1 (MQ=255) gcgcagcACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATGTCCTTCGTCCAGCt < 2:47146/90‑1 (MQ=255) gcgcagcACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATGTCCTTCGTCCAGCt < 2:86173/90‑1 (MQ=255) cagcaCGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATGTCCTTCGTCCAGCTTGt < 1:594127/90‑1 (MQ=255) | AGGATCGCATCGGTATTTTTCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAACGGGTTAGCGTGGCTATCACCTCACCCAGCGGTTTATCGCTGAAGCTCAGGATGTCCTTCGTCCAGCTTGT > NZ_CP009273/4506657‑4506817 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |