| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 3,806,432 | 0 | A | C | 54.8% | 29.8 / 38.6 | 31 | T114T (ACA→ACC) | coaBC | bifunctional phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenate‑‑cysteine ligase CoaBC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/6); new base C (0/17); total (8/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.81e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.78e-06 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCG > NZ_CP009273/3806347‑3806521 | ttCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTg < 2:269535/90‑1 (MQ=255) ccccTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTg < 2:368110/90‑1 (MQ=255) cccTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGt < 1:437465/90‑1 (MQ=255) gATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCTcccc < 2:545293/90‑1 (MQ=255) gATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCTcccc < 1:729889/90‑1 (MQ=255) gATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCg > 1:292090/1‑82 (MQ=255) gATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCg < 2:292090/82‑1 (MQ=255) gATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTcccc > 1:805477/1‑90 (MQ=255) aTTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCg > 1:385455/1‑90 (MQ=255) ttGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTCCTCCCCGCCATGa < 1:331382/90‑1 (MQ=255) cggtgtTGCTGCCGGAAGGGCAAATGCCCTGGTATCGACGTTTTGTCTGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACca < 2:838592/88‑1 (MQ=255) cggtgtTGCGGCCGGAAGGGGGATTGCCCGGGTACCGACGTTTTGTCGGGCCACCCCTCCCCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACca < 1:658217/88‑1 (MQ=255) ccGTTTTGCTGCCGGAATGGAAAATGCCCGGGTATCGACGATTTGTCTGGATCCCCCTGCGCCTTTAGCGGTGCTCCCCGCCATGAACca < 2:772228/90‑1 (MQ=255) gtgtTGCCCCCGGAATGGAGAATGCCCTGGTATCAACGTTTTGTCTGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACcagc < 2:805477/90‑1 (MQ=255) ttGCTGCCGGAATGGCGAATGCCCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGa < 2:269507/90‑1 (MQ=255) tgcCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTa > 1:752550/1‑90 (MQ=255) aggccGAATGCCCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCCCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGcc < 2:752550/86‑1 (MQ=255) aTGGCGAATGCCCTGGTATCGACGTTTTTTCTGGCTCCCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGcc < 2:191057/90‑1 (MQ=255) tgcccTGCTATCGACGTTTTGTCTGGCAACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCAc < 1:345833/87‑1 (MQ=255) ccttGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACgc < 2:397343/87‑1 (MQ=255) cccTGGTACCGACGTTTTGCCGGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACgc < 2:49240/89‑1 (MQ=255) cTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACgcag > 2:587170/1‑90 (MQ=255) gTATCGACGTTTTGTCTGGCTACCCCGGCGCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCAt < 2:215239/90‑1 (MQ=255) gTATCGACGGTTTGTCTGCCTACCCCGGCCCCTGAAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCAt < 1:600595/90‑1 (MQ=255) gTATCGAAGTTTTGTTGGGCAACCCCTCCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCAt < 2:56083/90‑1 (MQ=255) gTATCAACTATTTTTCTGGCTACCCCTCCCCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCAt < 2:294357/90‑1 (MQ=255) gTACCGCCGTTTTCTCTGGCTACCCCTGCCCCTGTAGCCGTCCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCAt < 2:69110/90‑1 (MQ=255) cgacgaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAAtt > 1:300541/1‑90 (MQ=255) gacgaTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAAttt > 2:84335/1‑90 (MQ=255) aTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTagag > 2:471752/1‑90 (MQ=255) ggCTCCCCCGGCGCCTGTAGCCGTGCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGcgcttgc < 2:409140/90‑1 (MQ=255) acCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCg > 1:118448/1‑90 (MQ=255) | TTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCG > NZ_CP009273/3806347‑3806521 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |