| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 2,738,448 | 0 | A | C | 52.9% | 36.0 / 53.7 | 34 | V84G (GTG→GGG) | trmD | tRNA (guanosine(37)‑N1)‑methyltransferase TrmD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/1); new base C (0/18); total (15/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.62e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.39e-08 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCC > NZ_CP009273/2738359‑2738533 | gACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCa > 2:1257104/1‑90 (MQ=255) tGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCcgcg > 2:1372525/1‑90 (MQ=255) cGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCttt > 1:297699/1‑90 (MQ=255) ttCGCTGCCGCCCGTTTGATCAAGCTTGCCCCCCTGTGGTGACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATg < 1:1440481/90‑1 (MQ=255) cGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGaa > 2:9974/1‑90 (MQ=255) tGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATgg < 1:498402/90‑1 (MQ=255) cGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGt < 1:52626/90‑1 (MQ=255) gCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGc > 2:1016952/1‑90 (MQ=255) cTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCa < 2:790302/90‑1 (MQ=255) cTTAATCACGTTTGCGCCCTTGTGGTGAAAGAAAAATCCCCTTTGCCCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCa < 1:1257104/90‑1 (MQ=255) ttGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCaa < 2:1115683/90‑1 (MQ=255) tGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAg < 2:324628/90‑1 (MQ=255) gATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAgg < 1:20135/90‑1 (MQ=255) tCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGt < 2:185950/90‑1 (MQ=255) aGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGc > 2:127533/1‑90 (MQ=255) cTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCCCTTTTGCCCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCAc < 2:1028295/90‑1 (MQ=255) cTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCAc < 2:154775/90‑1 (MQ=255) cTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCAc > 1:976159/1‑90 (MQ=255) cTTGCGTCCCTGTGGTGAAAGAAAAATCCCCTTTGCGCCTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCAc < 1:560300/90‑1 (MQ=255) cTTCCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCAc < 2:62968/90‑1 (MQ=255) ttGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCAcc < 2:1020095/90‑1 (MQ=255) ccTGTGGTGACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTCCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTa < 1:1025574/90‑1 (MQ=255) cTGTGGTGACAGATAAATCCCCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCAc < 1:674401/81‑1 (MQ=255) cTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCAc > 2:674401/1‑81 (MQ=255) gACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATcccc > 1:1401580/1‑90 (MQ=255) gACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATcccc > 1:398509/1‑90 (MQ=255) cAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCgg > 1:182693/1‑90 (MQ=255) cAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCgg > 2:753844/1‑90 (MQ=255) gATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTc > 2:1036459/1‑90 (MQ=255) aTAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAAAGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTcc > 1:320519/1‑90 (MQ=255) aaaTCCCCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTccgc < 2:137361/90‑1 (MQ=255) aaaTCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTccgc > 1:449614/1‑90 (MQ=255) aaTCCCTTTTGCCCCTCCCCCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTccgcc < 1:1003727/90‑1 (MQ=255) aaTCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATgg > 1:995656/1‑47 (MQ=255) aaTCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATgg < 2:995656/47‑1 (MQ=255) | GACCGCACACCAGAATCAATTTTTGATTCGTTGCCAGTTCGCTGACGCCCGCTTGATCAAGCTTGCGTCCCTGTGGTGACAGATAAATCACCTTTGCGCCTTCACCCGCCGCGGCTTTTGCTGCATGAATGGCGTCCCGCAAGGGTTGCACCATCATTAACATCCCCGGTCCGCC > NZ_CP009273/2738359‑2738533 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |