Predicted mutation
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RA	NZ_CP009273	1,740,776	T→C	noncoding (4/77 nt)	BW25113_RS08720 →	tRNA‑Val

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NZ_CP009273	1,740,776	0	T	C	100.0%	71.1 / NA	21	noncoding (4/77 nt)	BW25113_RS08720	tRNA‑Val
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (12/9);  total (12/9)

GCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGGACGCACCAGAT  >  NZ_CP009273/1740692‑1740852                                                                                     |                                                                             gCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGCCCGTa                                                                         >  1:376025/1‑90 (MQ=255)        tAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGCCCGTAGCTCAGt                                                                  <  1:237500/90‑1 (MQ=255)             cAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGCCCGTAGCTCAGTTGGtt                                                             >  1:260966/1‑90 (MQ=255)             cAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGCCCGTAGCTCAGTTGGtt                                                             <  2:260966/90‑1 (MQ=255)                    ttAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGCCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGcac                                                      >  1:211137/1‑90 (MQ=255)                    ttAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGCCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGcac                                                      <  1:350653/90‑1 (MQ=255)                     tAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGCCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGcacc                                                     <  1:137122/90‑1 (MQ=255)                         gCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGCCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCt                                                 >  1:16324/1‑90 (MQ=255)                            ccaccTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGCCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGa                                              >  2:215828/1‑90 (MQ=255)                                      aTGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGCCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGcacc                                                     <  1:306507/73‑1 (MQ=255)                                      aTGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGCCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGcacc                                                     >  2:306507/1‑73 (MQ=255)                                        ggtggGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGCCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGt                                  >  2:62071/1‑90 (MQ=255)                                        ggtggGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGCCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGt                                  >  2:36958/1‑90 (MQ=255)                                         gtggGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGCCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTc                                 >  1:99953/1‑90 (MQ=255)                                                 cGTTGTTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGCCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTc                         <  2:512019/90‑1 (MQ=255)                                                 cGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGCCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTc                         >  2:155670/1‑90 (MQ=255)                                                 cGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGCCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTc                         <  1:215828/90‑1 (MQ=255)                                                  gTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGCCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCg                        >  2:181254/1‑90 (MQ=255)                                                  gTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGCCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCg                        >  2:95510/1‑90 (MQ=255)                                                     ggTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGCCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGt                     <  2:16324/90‑1 (MQ=255)                                                                        gCACCATCCTGCGCCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGGACGCACCAGAt  <  1:449153/90‑1 (MQ=255)                                                                                     |                                                                             GCGTTCATAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGTTGGTTCGAGTCCAATTGAACGCACCATCCTGCGTCCGTAGCTCAGTTGGTTAGAGCACCACCTTGACATGGTGGGGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTCGGACGCACCAGAT  >  NZ_CP009273/1740692‑1740852

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑