| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 765,675 | 0 | A | C | 68.4% | 10.6 / 15.1 | 19 | T748P (ACC→CCC) | mngB | mannosylglycerate hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/0); new base C (0/13); total (6/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.69e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.72e-04 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATGGGAT > NZ_CP009273/765591‑765761 | gggCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGt > 1:25327/1‑90 (MQ=255) gcCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGcc > 1:76058/1‑90 (MQ=255) aaTGCCAGCCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGgtgt < 2:225198/90‑1 (MQ=255) gCCAGTCCCGGACTCACAACTCCGGGGTCTGTTTTCTTTTCGCTTAATTTTATTGATTTATCCGGGTACCCAACCCGCCGCTGGTGTAGc < 2:517604/90‑1 (MQ=255) ccccGGACCCACACCTCCGTGGTCTGTTTTTTTGTCCCCTAATTTTATTGAGTTATCCGGGTACCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTcagc < 2:25327/89‑1 (MQ=255) cacaACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAg > 1:681804/1‑90 (MQ=255) aCTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATg > 1:212439/1‑90 (MQ=255) cggggTCTGCTTTTTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:501743/87‑1 (MQ=255) cGTGTTCTGTTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:131756/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTTTTGTCGCCTAATTTTTTTGATTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:142586/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTTTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:76058/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTTTTGCCGCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:495808/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTACTTTCTTGCCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGTTCCCCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:94223/90‑1 (MQ=255) tGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAg > 1:678867/1‑90 (MQ=255) ttCTTGTCGCTAAATTTTATTGGTTTATCCGGGCACCCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACa < 2:433755/90‑1 (MQ=255) cGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTac > 1:433755/1‑90 (MQ=255) aattttATTGATTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTAcaacaa < 2:247373/87‑1 (MQ=255) ttttATTGATTTATCCCGGTACCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACaaaa < 2:591475/89‑1 (MQ=255) aGTTATCCCGGTCCCCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATgg < 2:202406/90‑1 (MQ=255) tatcCCGGTACGCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATGGGAt < 1:528322/90‑1 (MQ=255) | GGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATCCCATGGGAT > NZ_CP009273/765591‑765761 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |