| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,430,449 | 0 | A | C | 52.0% | 28.6 / 33.9 | 25 | G234G (GGT→GGG) | ompN | porin OmpN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (10/2); new base C (0/13); total (10/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.02e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.72e-04 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTACGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATA > NZ_CP009273/1430363‑1430535 | ttACGCTTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTTTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGCCCCCGCGTCTGTTTTATcccccccc < 2:583295/90‑1 (MQ=255) aCGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACccgc > 2:454893/1‑90 (MQ=255) aCGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACccgc > 2:631450/1‑90 (MQ=255) aCGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACccgc > 1:369944/1‑90 (MQ=255) cttttCTAAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCTTTTTTTAGCCCAGCAGTCCCCGCGTCTGTTTTATCCCCCCCcgccgc < 2:394258/88‑1 (MQ=255) ttCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATTTTGTTACCATCGTATTTTACCCCAGCAGCCCACGCGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGt < 2:369944/90‑1 (MQ=255) ttCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGt < 1:293672/90‑1 (MQ=255) ttCTAAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGCCCACGCGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGt < 2:566109/90‑1 (MQ=255) tCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCCCCCGCCGCAGTa < 1:280398/90‑1 (MQ=255) aTGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAAcc < 1:5266/90‑1 (MQ=255) ttGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGt > 1:659391/1‑90 (MQ=255) gCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCa > 2:495375/1‑90 (MQ=255) gTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGt > 2:613215/1‑90 (MQ=255) tAAATTTTGTTAGCATCGTTTTTTAGCCCAGCAGTCCCCGCGTCTGTTTTACCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTg < 2:510430/90‑1 (MQ=255) tAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTg < 1:397108/90‑1 (MQ=255) aaaTATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGc > 2:42269/1‑90 (MQ=255) atatTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCgg < 1:141811/90‑1 (MQ=255) tGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCag > 1:245766/1‑90 (MQ=255) gTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCaga > 2:256286/1‑90 (MQ=255) gTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGCCCACGCGTCTGTTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCaga < 2:62178/90‑1 (MQ=255) tAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCagaag < 1:700740/90‑1 (MQ=255) cATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAgg > 2:78834/1‑90 (MQ=255) tcttATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGgtg < 1:454893/87‑1 (MQ=255) cccAGCAGCCCACGCGTCTGCTTTACCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCAcc < 2:245766/90‑1 (MQ=255) tGCTTTATCACCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGcc < 1:631450/90‑1 (MQ=255) ttttATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTa < 2:659391/89‑1 (MQ=255) cccaccCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCata < 1:42269/89‑1 (MQ=255) accaccCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCata < 1:256286/90‑1 (MQ=255) | TTACGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCAGGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAAATCATA > NZ_CP009273/1430363‑1430535 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |