| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 356,342 | 0 | A | C | 52.6% | 15.7 / 26.9 | 19 | S214R (AGC→CGC) | cynX | cyanate transporter CynX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/9); new base C (10/0); total (10/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.08e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.68e-05 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CAACAACCACTCCGGTTCGCGTGGTATTCACTCCCCGCGCGTGGACGCTGGGTGTTTACTTCGGTCTGATTAACGGCGGTTACGCCAGCCTGATTGCC‑TGGTTACCCGCTTTCTATATTGAGATTGGTGCCAGCGCGCAGTACAGCGGTTCCTTACTGGCATTGATG > NZ_CP009273/356256‑356422 | caacaaCCACTCCGGTTCGCGTGGTATTCACTCCCCGCGCGTGGACGCTGGGTGTTTACTTCGGTCTGATTAACGGCGGTTACGgccgcc > 2:470467/1‑90 (MQ=255) aacaacCACTCCGGTTCGCGTGGTATTCACTCCCCGCGCGTGGACGCTGGGTGTTTACTTCGGTCTGATTAACGGCGGTTACGCCAGCCt < 1:37783/90‑1 (MQ=255) cTCCGGTTCGCGTGGTATTCACTCCCCGCGCGTGGACGCTGGGTGTTTACTTCGGTCTGATTAACGGCGGGTACGCCCCCCCGATTGccc > 2:146832/1‑89 (MQ=255) tCGCGTGGTATTCACTCCCCGCGCGTGGACGCTGGGTGTTTACTTCGGTCTGATTAACGGCGGTTACGCCAGCCTGATTGCC‑TGGTTAcc < 1:285765/90‑1 (MQ=255) gcgTGGTATTCACTCCCCGCGCGTGGACGCTGGGTGTTTACTTCGGTCTGATTAACGGCGGTTACGCCCGCCCGATTTCC‑TGGGTTcccc > 1:68473/1‑89 (MQ=255) gTGGTATTCACTCCCCGCGCGTGGACGCTGGGTGTTTACTTCGGTCTGATTAACGGCGGTTACGCCAGCCTGATTGCC‑TGGTTACCCGCt < 1:158017/90‑1 (MQ=255) cccGCGCGTGGACGCTGGGTGTTTACTTCGGTCTGATTAACGGCGGTTTCGCCCCCCCGATTTTC‑TGGGTATCCCCTTTTTTTAtttgga > 1:141425/1‑86 (MQ=255) cccGCGCGTGGACGCTGGGTGTTTACTTCGGTCTGATTAACGGCGGGTACGCCCGCCCGCTTGGC‑TGGTTTCCCCCCTTTTTTTTTgaga > 2:64718/1‑90 (MQ=255) gACGCTGGGTGTTTACTTCGGTCTGATTAACGGCGGTTACGCCAGCCTGATTGCC‑TGGTTACCCGCTTTCTATATTGAGATTGGTGCCAg < 1:342308/90‑1 (MQ=255) cTGGGTGTTTACTTCGGTCTGATTAACGGCGGTTTCGCCCGCCTGATTTTC‑TTGTTTTCCCCTTTTTTTATTTTGATTTGTGGCcgcgcg > 1:320002/1‑90 (MQ=255) cTGGGTGTTTACTTCGGTCTGATTAACGGCGGTTACGCCCCCCCGGTTTTC‑TGGGTTCCCCCCTTTTTTTTTTAGATTTGTGGCAgcgcg > 1:218584/1‑90 (MQ=255) tGGGTGTTTACTTCGGTCTGATTAACGGCGGTTACGCCAGCCTGATTGCC‑TGGTTACCCGCTTTCTATATTGAGATTGGTGCCAgcgcgc < 1:293375/90‑1 (MQ=255) tGGGTGTTTACTTCGGTCTGATTAACGGCGGTTACGCCAGCCTGATTGCC‑TGGTTACCCGCTTTCTATATTGAGATTGGTGCCAgcgcgc < 2:285956/90‑1 (MQ=255) gggTGTTTACTTCGGTCTGATTAACGGCGGGTGCGCCCCCCCGGTTGCC‑TTGGTACCCCCCTTCTTTTTTTTGATTGGGGGCAgcgcgcg > 2:248352/1‑89 (MQ=255) ttACTTCGGTCTGATTAACGGCGGTTTTGCCCGCCCGGTTGCCTTGGTTTCCCCCTTT‑TTTTTTTTGATTTGGGGCAGCGCGCCGGACAg > 2:120850/1‑90 (MQ=255) ttACTTCGGTCTGATTAACGGCGGTTACGCCCGCCCGGTTGTC‑TGGTTTCCCCCCTTTTTTTTTTTGGTTTGTGGCAGCGCGCCGGACAg > 1:328565/1‑90 (MQ=255) aCGGCGGTTACGCCAGCCTGATTGCC‑TGGTTACCCGCTTTCTATATTGAGATTGGTGCCAGCGCGCAGTACAGCGGTTCCTTACTGGCAt < 1:16421/90‑1 (MQ=255) cggTTACGCCAGCCTGATTGCC‑TGGTTACCCGCTTTCTATATTGAGATTGGTGCCAGCGCGCAGTACAGCGGTTCCTTACTGGCATtgat < 1:64718/90‑1 (MQ=255) ggTTACGCCCGCCCCATTGCC‑TGGTTACCCCCCTTTTTTATTTAGATTGGGGGCCGCGCGCGGGACAAGGGGTCCTTTCTTGCCTttatg > 2:386251/1‑90 (MQ=255) ggTTACGCCAGCCTGATTGCC‑TGGTTACCCGCTTTCTATATTGAGATTGGTGCCAGCGCGCAGTACAGCGGTTCCTTACTGGCATtgatg < 2:328565/90‑1 (MQ=255) | CAACAACCACTCCGGTTCGCGTGGTATTCACTCCCCGCGCGTGGACGCTGGGTGTTTACTTCGGTCTGATTAACGGCGGTTACGCCAGCCTGATTGCC‑TGGTTACCCGCTTTCTATATTGAGATTGGTGCCAGCGCGCAGTACAGCGGTTCCTTACTGGCATTGATG > NZ_CP009273/356256‑356422 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |