Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	NZ_CP009273	3791085	3791100	16	3 [0]	[1] 2	waaL	O‑antigen ligase

ATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTATATTAGCTAGCATTGTTATTATATTTAAT  >  NZ_CP009273/3790995‑3791084                                                                                          | aTAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTATATTAGCTAGCATTGTTATTATATTtaat  <  2:241883/90‑1 (MQ=255)                                   cTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTATATTAGCTAGCATTGTTATTATATTtaat  <  1:116834/56‑1 (MQ=255)                                   cTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTATATTAGCTAGCATTGTTATTATATTtaat  >  2:116834/1‑56 (MQ=255)                                                                                          | ATAGCTTATTATAATAAATCACCCAAGAAATTCACTTCCTCTATTGTTCTACTAATTGCTATATTAGCTAGCATTGTTATTATATTTAAT  >  NZ_CP009273/3790995‑3791084

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑