| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 3,808,860 | 0 | T | G | 55.0% | 16.4 / 23.6 | 20 | D90A (GAC→GCC) | pyrE | orotate phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/6); new base G (11/0); total (14/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.17e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.32e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TCCTTGTAACGCGCTACCAACCAGATTGCCGCCTTCACCGTGGTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGTCCAGGTCGTGATGCTCCGCCAGTGCCACAGCGGTTGTGGTGGCAATCGGGATCCCTTTGTAAGCAGGGCCAAACAGCAGATCGAACTC > NZ_CP009273/3808775‑3808942 | tCCTTGTAACGCGCTACCAACCAGATTGCCGCCTTCACCGTGGTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGGCCAGGGCGTg > 2:140089/1‑90 (MQ=255) ccTTGTAACGCGCTACCAACCAGATTGCCGCCTTCACCGTGGTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGGCCAGGGCGGGa > 2:567914/1‑90 (MQ=255) gcgcTACCAACCAGATTGCCGCCTTCACCGTGGTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGGCCCGGGCGTGATGCTCcccc > 1:525455/1‑90 (MQ=255) gcgcTACCAACCAGATTGCCGCCTTCACCGTGGTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGGCCAGGGCGTGATGCTCCGcc > 2:731383/1‑90 (MQ=255) accaGATTGCCGCCTTCACCGTGGTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGTCCAGGTCGTGATGCTCCGCCAGTGCcaca < 1:190057/90‑1 (MQ=255) ccaGATTGCCGCCTTCACCGTGGTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGGCCAGGGCGTGATGCTCCGCCCGTGCCACAg > 2:752569/1‑90 (MQ=255) gATTGCCGCCTTCACCGTGGTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGTCCCGGGCGTGATGCTCCCCCCGGGCCACAGCgg > 1:1404/1‑90 (MQ=255) gATTGCCGCCTTCACCGTGGTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGTCCAGGTCGTGATGCTCCGCCAGTGCCACAGCgg < 2:807598/90‑1 (MQ=255) gccgccTTCACCGTGGTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGTCCAGGGCGTGATGCTCCCCCCGTGCCACAGCGGtttt > 2:847280/1‑88 (MQ=255) gccTTCACCGTGGTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGTCCAGGGCGTGATGCTCCGCCCGAGCCACAGCGGGTgtggg > 1:315804/1‑89 (MQ=255) ttCACCGTGGTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGTCCAGGTCGTGATGCTCCGCCAGTGCCACAGCGGTTGTGGTGGc > 2:238559/1‑90 (MQ=255) ttCACCGTGGTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGGCCAGGGCGTGATGCTCCGCCCGGGCCACAGCGGGTGTGGTGGc > 2:800220/1‑90 (MQ=255) ggTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGcaggtccaggt < 1:677902/45‑1 (MQ=255) ggTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGcaggtccaggt > 2:677902/1‑45 (MQ=255) ggTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGGCCAGGGCGTGATGCTCCGCCAGTGCCACAGCGGTTGTGGGGGGAATCGGGa > 1:35398/1‑90 (MQ=255) ggTTAAAGCAGTACGGCAGGTCCAGGTCGTGATGCTCCGCCAGTGCCACAGCGGTTGTGGTGGCAATCGGGATCCCTTTGTAAGCAGGGc < 1:800220/90‑1 (MQ=255) ggTTAAAGCAGTACGGCAGGTCCAGGTCGTGATGCTCCGCCAGTGCCACAGCGGTTGTGGTGGCAATCGGGATCCCTTTGTAAGCAGGGc < 1:752569/90‑1 (MQ=255) ggTTAAAGCAGTACGGCAGGTCCAGGTCGTGATGCTCCGCCAGTGCCACAGCGGTTGTGGTGGCAATCGGGATCCCTTTGTAAGCAGGGc < 1:520720/90‑1 (MQ=255) aaGCAGTACGGCAGGTCCAGGTCGTGATGCTCCGCCAGTGCCACAGCGGTTGTGGTGGCAATCGGGATCCCTTTGTAAGCAGGGCCAAAc < 2:733891/90‑1 (MQ=255) tACGGCAGGTCCAGGTCGTGATGCTCCGCCAGTGCCACAGCGGGTGTGGGGGCAATCGGGATCCCTTTGTAAGCAGGGGCAAACAGCAGa > 2:625493/1‑90 (MQ=255) gCAGGTCCAGGTCGTGATGCTCCGCCAGTGCCACAGCGGTTGTGGTGGCAATCGGGATCCCTTTGTAAGCAGGGCCAAACAGCAGATCGa > 2:101352/1‑90 (MQ=255) gCAGGTCCAGGGCGTGATGCTCCCCCAGTGCCACAGCGGGTGTGGGGGGAAACGGGATCCCTTTTTAAACAGGGCCAAAAAGCAGATCGa > 1:8869/1‑90 (MQ=255) ggtccaggtcGTGATGCTCCGCCAGTGCCACAGCGGTTGTGGTGGCAATCGGGATCCCTTTGTAAGCAGGGCCaa > 2:215290/1‑75 (MQ=255) ggtccaggtcGTGATGCTCCGCCAGTGCCACAGCGGTTGTGGTGGCAATCGGGATCCCTTTGTAAGCAGGGCCaa < 1:215290/75‑1 (MQ=255) ggtccaggtcGTGATGCTCCGCCAGTGCCACAGCGGTTGTGGTGGCAATCGGGATCCCTTTGTAAGCAGGGCCAAACAGCAGATCGAACt > 2:30581/1‑90 (MQ=255) gtccaggtcGTGATGCTCCGCCAGTGCCACAGCGGTTGTGGTGGCAATCGGGATCCCTTTGTAAGCAGGGCCAAACAGCAGATCGAACTc < 2:525455/90‑1 (MQ=255) | TCCTTGTAACGCGCTACCAACCAGATTGCCGCCTTCACCGTGGTCTTTTGCTTCTTTGCGGTTAAAGCAGTACGGCAGGTCCAGGTCGTGATGCTCCGCCAGTGCCACAGCGGTTGTGGTGGCAATCGGGATCCCTTTGTAAGCAGGGCCAAACAGCAGATCGAACTC > NZ_CP009273/3808775‑3808942 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |