| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 765,675 | 0 | A | C | 59.1% | 13.0 / 16.6 | 22 | T748P (ACC→CCC) | mngB | mannosylglycerate hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/5); new base C (0/13); total (4/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.72e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.85e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAA > NZ_CP009273/765591‑765750 | gggCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGt < 2:310965/90‑1 (MQ=255) ccTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCa > 2:870106/1‑90 (MQ=255) ggAATAAAAATGCCAGTCCCGGACCCACAACTCCGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGATTTATACCGGTACGCCAAccgcc < 1:598930/90‑1 (MQ=255) gAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACACCTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAActgccg < 2:424911/90‑1 (MQ=255) aaTTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACcgccgc < 1:220028/90‑1 (MQ=255) aTTAAAATCCCGGCCCCGGACCCACACCTACGTGGTTTCTTTTTTTGTCTCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCt < 2:179403/90‑1 (MQ=255) gCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGc > 2:792739/1‑90 (MQ=255) gTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTcag > 2:422088/1‑90 (MQ=255) ggTGGTTTGTTTTTTTTTCACCAAATTTTATTAGTTTACCCGGGCACCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:792739/89‑1 (MQ=255) ggTGGTTTGTTTTTTTGTCGCTAAAGTTTTTTGGTTTAGCCCGGTACACCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:877860/89‑1 (MQ=255) cggggTCTTTTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGATTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:267177/87‑1 (MQ=255) cggggTCTGTTTTTTTGTCGCCTAATTTTATTGATTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:746617/87‑1 (MQ=255) cGTGTTCTGTTTTCTTTTCCCCTAAGTTTATTAAGTTAACCGGGTTCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:779010/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAATTTTTTTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:721153/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:157611/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTTTGGAGTTATCCGGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:438918/90‑1 (MQ=255) tGGTCTGTTTTCTTGCCGCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGAc < 1:422088/90‑1 (MQ=255) gTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTc > 1:650980/1‑90 (MQ=255) tCTGTTTTTTTGTCGCCTAGTTTTATTGATTTATCCCGGTACCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTcc < 2:69316/90‑1 (MQ=255) tCTGTTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTcc < 1:747957/90‑1 (MQ=255) tCTGCTTTCTTGTCGCTTAATTTTTTTGATTTATCCCGGTCCGCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTcc < 2:650980/90‑1 (MQ=255) ttttATTGGTTTACACCGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACaaaa < 1:486714/89‑1 (MQ=255) | GGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAA > NZ_CP009273/765591‑765750 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |