| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 768,739 | C→T | A81V (GCT→GTT) | cydB → | cytochrome d ubiquinol oxidase subunit II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 768,739 | 0 | C | T | 100.0% | 83.8 / NA | 24 | A81V (GCT→GTT) | cydB | cytochrome d ubiquinol oxidase subunit II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (15/9); total (15/9) | |||||||||||
CACCACACTGGGACGGTAACCAGGTTTGGCTGATCACCGCGGGCGGCGCACTCTTTGCTGCCTGGCCGATGGTCTATGCCGCTGCGTTCTCCGGCTTCTATGTGGCGATGATCCTCGTGCTGGCGTCTTTGTTCTTCCGTCCGGTCGGTTTTGACTACCGCTCCAAGATTG > NZ_CP009273/768658‑768828 | caccacACTGGGACGGTAACCAGGTTTGGCTGATCACCGCGGGCGGCGCACTCTTTGCTGCCTGGCCGATGGTCTATGCCGTTGCGTtct > 1:81496/1‑90 (MQ=255) ccacACTGGGACGGTAACCAGGTTTGGCTGATCACCGCGGGCGGCGCACTCTTTGCTGCCTGGCCGATGGTCTATGCCGTTGCGTTCTcc < 2:322532/90‑1 (MQ=255) acacTGGGACGGTAACCAGGTTTGGCTGATCACCGCGGGCGGCGCACTCTTTGCTGCCTGGCCGATGGTCTATGCCGTTGCGTTCTCCgg > 2:204459/1‑90 (MQ=255) cTGGGACGGTAACCAGGTTTGGCTGATCACCGCGGGCGGCGCACTCTTTGCTGCCTGGCCGATGGTCTATGCCGTTGCGTTCTCCGGCtt > 2:624058/1‑90 (MQ=255) gggACGGTAACCAGGTTTGGCTGATCACCGCGGGCGGCGCACTCTTTGCTGCCTGGCCGATGGTCTATGCCGTTGCGTTCTCCGGCTTCt > 2:29195/1‑90 (MQ=255) ggACGGTAACCAGGTTTGGCTGATCACCGCGGGCGGCGCACTCTTTGCTGCCTGGCCGATGGTCTATGCCGTTGCGTTCTCCGGCTTCTa < 2:87500/90‑1 (MQ=255) ggACGGTAACCAGGTTTGGCTGATCACCGCGGGCGGCGCACTCTTTGCTGCCTGGCCGATGGTCTATGCCGTTGCGTTCTCCGGCTTCTa < 2:303175/90‑1 (MQ=255) cGGTAACCAGGTTTGGCTGATCACCGCGGGCGGCGCACTCTTTGCTGCCTGGCCGATGGTCTATGCCGTTGCGTTCTCCGGCTTCTAtgt < 2:174334/90‑1 (MQ=255) ggTAACCAGGTTTGGCTGATCACCGCGGGCGGCGCACTCTTTGCTGCCTGGCCGATGGTCTATGCCGTTGCGTTCTCCGGCTTCTAtgtg > 1:573079/1‑90 (MQ=255) ttGGCTGATCACCGCGGGCGGCGCACTCTTTGCTGCCTGGCCGATGGTCTATGCCGTTGCGTTCTCCGGCTTCTATGTGGCGATGATCCt > 1:556948/1‑90 (MQ=255) gATCACCGTGGGCGGCGCACTCTTTGCTGCCTGGCCGATGGTCTATGCCGTTGCGTTCTCCGGCTTCTATGTGGCGATGATCCTCGTGCt > 1:642949/1‑90 (MQ=255) aTCACCGCGGGCGGCGCACTCTTTGCTGCCTGGCCGATGGTCTATGCCGTTGCGTTCTCCGGCTTCTATGTGGCGATGATCCTCGTGCTg > 2:592386/1‑90 (MQ=255) cgcgGGCGGCGCACTCTTTGCTGCCTGGCCGATGGTCTATGCCGTTGCGTTCTCCGGCTTCTATGTGGCGATGATCCTCGTGCTGGCGTc > 2:422313/1‑90 (MQ=255) cgcgGGCGGCGCACTCTTTGCTGCCTGGCCGATGGTCTATGCCGTTGCGTTCTCCGGCTTCTATGTGGCGATGATCCTCGTGCTGGCGTc > 2:590600/1‑90 (MQ=255) ggcggcGCACTCTTTGCTGCCTGGCCGATGGTCTATGCCGTTGCGTTCTCCGGCTTCTATGTGGCGATGATCCTCGTGCTGGCGTCTTTg > 1:609924/1‑90 (MQ=255) ctgcCTGGCCGATGGTCTATGCCGTTGCGTTCTCCGGCTTCTATGTGGCgatg < 1:587791/53‑1 (MQ=255) ctgcCTGGCCGATGGTCTATGCCGTTGCGTTCTCCGGCTTCTATGTGGCgatg > 2:587791/1‑53 (MQ=255) ccTGGCCGATGGTCTATGCCGTTGCGTTCTCCGGCTTCTATGTGGCGATGATCCTCGTGCTGGCGTCTTTGTTCTTCCGTCcggtc > 1:3737/1‑86 (MQ=255) ccTGGCCGATGGTCTATGCCGTTGCGTTCTCCGGCTTCTATGTGGCGATGATCCTCGTGCTGGCGTCTTTGTTCTTCCGTCcggtc < 2:3737/86‑1 (MQ=255) ccTGGCCGATGGTCTATGCCGTTGCGTTCTCCGGCTTCTATGTGGCGATGATCCTCGTGCTGGCGTCTTTGTTCTTCCGTCCGGTCGGtt > 2:381034/1‑90 (MQ=255) tGGTCTATGCCGTTGCGTTCTCCGGCTTCTATGTGGCGATGATCCTCGTGCTGGCGTCTTTGTTCTTCCGTCCGGTCGGTTTTGACTAcc < 2:492305/90‑1 (MQ=255) tGGTCTATGCCGTTGCGTTCTCCGGCTTCTATGTGGCGATGATCCTCGTGCTGGCGTCTTTGTTCTTCCGTCCGGTCGGTTTTGACTAcc > 1:92063/1‑90 (MQ=255) tATGCCGTTGCGTTCTCCGGCTTCTATGTGGCGATGATCCTCGTGCTGGCGTCTTTGTTCTTCCGTCCGGTCGGTTTTGACTACCGCTcc < 1:330077/90‑1 (MQ=255) aTGCCGTTGCGTTCTCCGGCTTCTATGTGGCGATGATCCTCGTGCTGGCGTCTTTGTTCTTCCGTCCGGTCGGTTTTGACTACCGCTCCa < 2:614916/90‑1 (MQ=255) cTGCGTTCTCCGGCTTCTATGTGGCGATGATCCTCGTGCTGGCGTCTTTGTTCTTCCGTCCGGTCGGTTTTGACTACCGCTCCAAGATTg > 1:58497/1‑90 (MQ=255) | CACCACACTGGGACGGTAACCAGGTTTGGCTGATCACCGCGGGCGGCGCACTCTTTGCTGCCTGGCCGATGGTCTATGCCGCTGCGTTCTCCGGCTTCTATGTGGCGATGATCCTCGTGCTGGCGTCTTTGTTCTTCCGTCCGGTCGGTTTTGACTACCGCTCCAAGATTG > NZ_CP009273/768658‑768828 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |