| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 3,055,679 | 0 | A | C | 52.2% | 48.1 / 71.9 | 46 | T491P (ACC→CCC) | scpA | methylmalonyl‑CoA mutase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/1); new base C (0/24); total (21/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.17e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.76e-09 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGGATCACGAAGACGAAACCGATGTACTTGAGATCGACAACGTGATGGTGCGTAACGAGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCACCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCACGCCGCACAGCATAACGAAAACCTGCTGGCTGCCGCTGTTAAT > NZ_CP009273/3055590‑3055768 | tGGATCACGAAGACGAAACCGATGTACTTGAGATCGACAACGTGATGGTGCGTAACGAGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCa < 1:111123/90‑1 (MQ=255)tGGATCACGAAGACGAAACCGATGTACTTGAGATCGACAACGTGATGGTGCGTAACGAGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCa < 2:325165/90‑1 (MQ=255) gATCACGAAGACGAAACCGATGTACTTGAGATCGACAACGTGATGGTGCGTAACGAGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCAcc > 2:745877/1‑90 (MQ=255) aCGAAGACGAAACCGATGTACTTGAGATCGACAACGTGATGGTGCGTAACGAGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCACCCGtg > 2:589218/1‑90 (MQ=255) aaGACGAAACCGATGTACTTGAGATCGACAACGTGATGGTGCGTAACGAGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCACCCGtgatg > 1:158606/1‑90 (MQ=255) cGAAACCGATGTACTTGAGATCGACAACGTGATGGTGCGTAACGAGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCACCCGTGATGATgc < 1:589218/90‑1 (MQ=255) aTGTACTTGAGATCGACAACGTGATGGTGCGTAACGAGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCACCCGTGATGATGCCGCCGTaa > 1:1010043/1‑90 (MQ=255) tcTTGAGAACGACAACGTGATGGTGCGTAACGAGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCCCCCGTGATGATGCCGCCGTAAccgc < 1:53851/89‑1 (MQ=255) tGAGATCGACAACGTGATGGTGCGTAACGAGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCACCCGTGATGATGCCGCCGTAACcgccgc > 2:848086/1‑90 (MQ=255) gagaTCGACAACGTGATGGGGCGAAACGAGAAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCCCCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCcgcg < 2:468968/90‑1 (MQ=255) gaTCGACAACGTGATGGTGCGTAACGAGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCACCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGtt > 2:904035/1‑90 (MQ=255) gaTCGACAACGTGATGGTGCGTAACGAGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCACCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGtt > 1:419477/1‑90 (MQ=255) gaTCGACAACGTGATGGTGCGTAACGAGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCACCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGtt > 1:911160/1‑90 (MQ=255) tCGACAACGTGATGGTGCGTAACGAGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCACCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGa > 1:845708/1‑90 (MQ=255) cGACACCGTGAGGGTGCGAAACGAGAAAATTCCTCCGCTGGAACGCATCCGCCCCCCCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGaa < 2:146782/90‑1 (MQ=255) cGACAAGGTGATGGTGCGTAACGAGAAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCCCCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGaa < 1:927953/90‑1 (MQ=255) gACAACGTGATGGTGCGTAACGAGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCACCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAAc > 1:757393/1‑90 (MQ=255) gACAACGTGATGGTGCGTAACGAGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCACCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAAc > 2:943723/1‑90 (MQ=255) gACAACGTGAGGGTGCGTAACGAGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCCCCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAAc < 1:826237/90‑1 (MQ=255) aCAACGTGATGGTGCGTAACGAGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCACCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACg > 2:386608/1‑90 (MQ=255) aCGTGATGGTGCGTAACGAGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCCCCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGccc < 1:384427/90‑1 (MQ=255) gTGCGTAACGAGAAAATTGCTCCGCGGGACCCCATCCGCCCCCCCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCAc < 2:911160/90‑1 (MQ=255) gCGTAGCGGGCAATTTTCTCCGCTGAAACGCATCCGCCCCCCCCGTGATGATCCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCAcgc < 2:740462/90‑1 (MQ=255) gCGTAACGAGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCACCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCAcgc > 2:460748/1‑90 (MQ=255) gCGTAACGAGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCACCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCAcgc > 1:174057/1‑90 (MQ=255) gCGTAACGAGAAATTTGCTCCGCGGGACCCCATCCGCCCCCCCCGTGATGAGCCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCAcgc < 2:763995/90‑1 (MQ=255) gTAACGAGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCACCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCAcgccg > 1:466832/1‑90 (MQ=255) gTAACGAGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCACCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCAcgccg > 2:749102/1‑90 (MQ=255) aCGAGCAATTTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCCCCCCCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCACGCCGcac < 2:381633/90‑1 (MQ=255) aCGAGCAATTTGCTCCGCGGGACCGCTTTCGCCCCCCCCGTGATGATCCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCACGCCGcac < 2:174057/90‑1 (MQ=255) aCGAGCAAATTGCTTCGCTGGACCGCATCCGCCCCCCCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCACGCCGcac < 2:757393/90‑1 (MQ=255) aCGAGCAAATTGCTTCGCTGGACCGCATCCGCCCCCCCCGGGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCACGCCGcac < 2:22936/90‑1 (MQ=255) aCGAGAAATTTCCTCCGCGGGACCGCATCCGCCCCCCCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCACGCCGcac < 2:160885/90‑1 (MQ=255) gAGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCACCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCACGCCGCACAg > 2:865234/1‑90 (MQ=255) gAGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCACCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCACGCCGCACAg > 1:729255/1‑90 (MQ=255) aGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCACCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCACGCCGCACAGc > 1:1109797/1‑90 (MQ=255) aGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCACCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCACGCCGCACAGc > 2:243468/1‑90 (MQ=255) cAACTTGCTCCGCTGGACCGCTTCCGCGCCCCCCGGGATGAGGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCACGCCGCACAGCAt < 2:268816/90‑1 (MQ=255) cAAATTGCTTCGCTGGAACGCATCCGCCCCCCCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCACGCCGCACAGCAt < 1:497161/90‑1 (MQ=255) cAAATTGCTCCCCCGGAACGCATCCCCCCCCCCCGTGAGGACCCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCACGCCGCACAGCAt < 2:826300/90‑1 (MQ=255) aaatttGCTCCGCGGGAACGCTTCCGCCCCCCCCGTGAGGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCACGCCGCACAGCAt < 2:1109797/86‑1 (MQ=255) cgcgGGACCGCATTCGCGCCCCCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCACGCCGCACAGCATAACGAAAAcc < 1:291828/90‑1 (MQ=255) cGCTGGAACGCATTCGCGCCCCCGGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCACGCCGCACAGCATAACGAAAAcc < 1:469920/90‑1 (MQ=255) gCTGGAACGCATTCGCGCCACCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCACGCCGCACAGCATAACGAAAACct > 2:510722/1‑90 (MQ=255) ttCGCCCCCCCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGAGTCACGCCGCACAGCATAACGAAAACCTGCTGGCTGCCg < 1:372488/90‑1 (MQ=255) tccgccCCCCCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCACGCCGCACAGCATAACGAAAACCTGCTGGCTGCCg < 1:904035/88‑1 (MQ=255) tccgccCCCCCCGTGAGGACCCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCACGCCGCACAGCATAACGAAAACCTGCTGGCTGCCg < 2:1010043/88‑1 (MQ=255) cgcgCCCCCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCACGCCGCACAGCATAACGAAAACCTGCTGGCTGCCGCt < 1:390923/90‑1 (MQ=255) cgccccgcccGTAAGGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCACGCCGCACAGCATAACGAAAACCTGCTGGCTGCCGCt < 1:262826/90‑1 (MQ=255) aCCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCACGCCGCACAGCATAACGAAAACCTGCTGGCTGCCGCTGTTAAt > 1:915241/1‑90 (MQ=255) aCCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCACGCCGCACAGCATAACGAAAACCTGCTGGCTGCCGCTGTTAAt > 1:241875/1‑90 (MQ=255) | TGGATCACGAAGACGAAACCGATGTACTTGAGATCGACAACGTGATGGTGCGTAACGAGCAAATTGCTTCGCTGGAACGCATTCGCGCCACCCGTGATGATGCCGCCGTAACCGCCGCGTTGAACGCCCTGACTCACGCCGCACAGCATAACGAAAACCTGCTGGCTGCCGCTGTTAAT > NZ_CP009273/3055590‑3055768 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |