| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 765,675 | 0 | A | C | 61.9% | 16.0 / 20.0 | 21 | T748P (ACC→CCC) | mngB | mannosylglycerate hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/3); new base C (0/13); total (5/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.75e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.09e-04 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CCTGGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAA > NZ_CP009273/765588‑765750 | ccTGGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATAcc > 1:658088/1‑90 (MQ=255) gggCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGt > 1:141675/1‑90 (MQ=255) cGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACCCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAAccg < 1:77261/90‑1 (MQ=255) aTTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCt < 2:261699/90‑1 (MQ=255) aTTAAAATGCCAGCCCCGGACCCACAACTACGTGGTCTGTTTTTTTGTCGCTTAATTTTTTTGAGTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCt < 2:303945/90‑1 (MQ=255) aTTAAAATCCCAGTCCCGGACTCACACCTCCGGGGTCTGTTTTCTTGTCCCTTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCt < 2:302246/90‑1 (MQ=255) gCCACTCCCGGCCTCAAAACTACGGGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGc < 2:352488/90‑1 (MQ=255) cacaACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTcagc < 1:527919/81‑1 (MQ=255) cacaACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTcagc > 2:527919/1‑81 (MQ=255) cggggTCTGCTTTTTTGTCGCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGTCCCCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:223947/87‑1 (MQ=255) cGTGGTTTGTTTTTTTGTCGCCTAAGTTTTTTGATTTATCCGGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:507700/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTTTTGTCGCCTAATTTTTTTGAGTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:253780/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:97576/90‑1 (MQ=255) gggTCTGCTTTCTTGTCGCTTAAGTTTTTTGGGTTATCCGGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGAc < 2:401351/89‑1 (MQ=255) gttttCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGt < 1:531399/88‑1 (MQ=255) ttCTGGTCCCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGTACCCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACa < 2:523103/90‑1 (MQ=255) tttGTCCCTTAATTTTTTTGATTTATCCCGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAgt < 2:141675/89‑1 (MQ=255) gTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGtt > 1:437033/1‑90 (MQ=255) ttttATTGATTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACaaaa < 1:633407/89‑1 (MQ=255) ttGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg > 2:492523/1‑60 (MQ=255) ttGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:492523/60‑1 (MQ=255) | CCTGGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAA > NZ_CP009273/765588‑765750 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |