| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 797,574 | 0 | A | C | 52.9% | 16.6 / 18.4 | 17 | T78P (ACC→CCC) | ybhI | anion permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (5/3); new base C (0/9); total (5/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.05e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.24e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACC > NZ_CP009273/797492‑797660 | tttCCCGGACCCTGTCTTACTTTTAATTGCCGTTGCTCCCTCAAGGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCTTTAAAAA‑CCAccgc < 2:675458/90‑1 (MQ=255) aCTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTActc > 2:499137/1‑90 (MQ=255) ttATTTGCTGTTGCTCCCTCAAGGGGGGTGGTCGGTAATTTACCCGGGGGTGCTTTAAAAC‑CCCCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCa < 2:488078/90‑1 (MQ=255) tAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAg > 2:360095/1‑90 (MQ=255) tttGCTCCCTCAATGGTGGTGGTGGGTATCTTATCCGCCGGTGCGTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTaccacc < 1:358138/89‑1 (MQ=255) cccccAAGGGTGGTGGTGGTTAACTTACCCGGCGGTGCTTTAAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctggctg < 2:670483/86‑1 (MQ=255) ccTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACctggctgg > 2:557538/1‑90 (MQ=255) tggtggtggTCGGTACCTTACCCGACGGTGCTTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTtct < 1:302622/90‑1 (MQ=255) tggtggtCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCgg < 1:100226/90‑1 (MQ=255) ggtggtCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGc > 2:642993/1‑90 (MQ=255) tggtCGTTAATTTACCCGACGGTGCTTTAAAAC‑CCCCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGt < 2:204678/90‑1 (MQ=255) ggtCGGTACTTTATCCGACGGTGCTTTTAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGtt < 1:274459/90‑1 (MQ=255) ggtCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCAccg > 2:602866/1‑38 (MQ=255) ggtCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCAccg < 1:602866/38‑1 (MQ=255) cgccGGTGTTTTTAAAC‑CCCCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGcgccgc < 1:591641/87‑1 (MQ=255) gctttAAAACCCCCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTtgtg < 2:672315/88‑1 (MQ=255) tAAAC‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGaccac < 1:32247/90‑1 (MQ=255) aaac‑CCCCCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGaccacc < 2:37226/90‑1 (MQ=255) | TTTCCCGGAACCTGTCGTACTGTTAATTGCCGTTGCTGCCTCAATGGTGGTGGTCGGTAACTTATCCGACGGTGCGTTTAAAA‑CCACCGCCGTATTAAGCGGTTACTCTTCAGGTACCACCTGGCTGGTGTTCTCGGCGTTTACCTTAAGCGCCGCATTTGTGACCACC > NZ_CP009273/797492‑797660 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |