| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 766,356 | 0 | A | G | 64.7% | 2.5 / 11.8 | 17 | intergenic (+289/‑558) | mngB/cydA | mannosylglycerate hydrolase/cytochrome ubiquinol oxidase subunit I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/4); new base G (11/0); total (13/4) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.30e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.55e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTT > NZ_CP009273/766269‑766445 | ggCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGtt > 2:575794/1‑90 (MQ=255) ttAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTCACTAAATGTTAATATTGGTGGGGTGGATTTATGCCTtta < 2:724598/90‑1 (MQ=255) aGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcgtc > 2:97794/1‑90 (MQ=255) aTTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGCCTTTTTTAGGAATCCTGAAACTCTTGGTCGTAtt > 2:853524/1‑90 (MQ=255) ttAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGTCTTTTTTTTTAAATTTTAAAATATGTGTGGGGTTAGCCAGGGAACCAAAAAAg > 1:231189/1‑90 (MQ=255) tAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGCCTTTTTTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGa > 2:623600/1‑90 (MQ=255) aaCTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATTCCTTTTTTAGTAATCCTGAAAATCTTCGTCGGATTAGCCAGTGACCaaaaaaaaaa > 1:505489/1‑90 (MQ=255) aaCTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGTCTTTTTTAGTAATCCTGAAAATCTTCGGCGGATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGaa > 1:227894/1‑90 (MQ=255) aaCTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGCCTTTTTTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGaa > 2:821058/1‑90 (MQ=255) aCTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAAt < 1:518064/90‑1 (MQ=255) aaTATTGGCGGGGGGGGTTTTTTCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAACCAGGGACCAAAAAAAAAATTAAAGTCAAc > 1:617388/1‑90 (MQ=255) aaTATTGGCGGGGGGGGTTTTTGCCTTTTTTAGTAATCCTGAAAATCTGCGGCGTATTAGCCCGTGACCAAAAAAAAAAATAAGGTCAAc > 1:34781/1‑90 (MQ=255) atTGGCGGGGGGGGTTTATTCCTTTTTTAGTAATCCTGAAAATCTGCGTCGGATTAGCCAGGGACCAAAAAAAAAAATAAGGGCAACCGt > 1:600856/1‑90 (MQ=255) ttGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTg < 2:34781/90‑1 (MQ=255) ttGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTg < 2:617388/90‑1 (MQ=255) cGGGGGGGGTTTTTTCCTTTATTCGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTATCCAGTGACCCAAAAAAAAATTAATGGCAAACGGGCTGt > 2:26188/1‑90 (MQ=255) ggATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGc > 2:465222/1‑90 (MQ=255) aTTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCtt > 2:872268/1‑90 (MQ=255) | GGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTT > NZ_CP009273/766269‑766445 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |