| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 3,751,028 | 0 | C | T | 40.5% | 37.2 / 19.0 | 37 | A54T (GCA→ACA) | yiaY | L‑threonine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/7); new base T (0/15); total (15/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.08e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTTCAAACCTGCGGCGACGTTTTCCGTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGC > NZ_CP009273/3750942‑3751109 | tttCAAACCTGCGGCGACGTTTTCCGTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCttt > 2:70682/1‑90 (MQ=255)tttCAAACCTGCGGCGACGTTTTCCGTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCttt > 1:805/1‑90 (MQ=255) aCCTGCGGCGACGTTTTCCGTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGcac < 2:306273/90‑1 (MQ=255) tGCGGCGACGTTTTCCGTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGcac < 2:943561/87‑1 (MQ=255) tGCGGCGACGTTTTCCGTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGcac > 1:943561/1‑87 (MQ=255) gcggcgACGTTTTCCGTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATcg > 1:173268/1‑90 (MQ=255) gcggcgACGTTTTCCGTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATcg > 1:90320/1‑90 (MQ=255) gcggcgACGTTTTCCGTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATcg > 1:260148/1‑90 (MQ=255) gggggggtTTAGGTGGGGTCCCATAAAAAAAAACCCAAAAAATTTTGCTTTCTTCCAGTTTTTTTTCCACCCCGCCCGCCATACCTAAtt < 2:731311/86‑1 (MQ=255) ggtggGTTTAGGTTGGGTCCCATCAAAAAAAACGCAAAAAATTTTGCTTTCTTCCAGTGTTTTTTGCACACCGCCCGCCATACCTAAttt < 2:805/90‑1 (MQ=255) gtggGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTc > 2:806489/1‑90 (MQ=255) ggTTGGGTGGGGTCCCATAAAAAAAAACGCAAAAAATTTTGCGTTCTCCCAGTGTTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTa < 2:164180/90‑1 (MQ=255) ggTTAGGTTGGGTGCCATAAAAAAAAACGAAAAAAATTTTGCGTTCTTCCAGTGTTTTTTGCCCACCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTa < 2:90469/90‑1 (MQ=255) ggTTAGGTTGGGTCCCATAAAAAATACCAAAAAAAATTTTGCTTTCTTCCAGTTTTTTTTCCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTa < 2:180624/90‑1 (MQ=255) ggTTAGGTGGGGTGCCATAAAAAAAAACCCAAAAAATTTTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTa < 1:916650/90‑1 (MQ=255) gggTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGt > 1:746305/1‑90 (MQ=255) ccATCAAAAATAACGCAAAAAATATTGCTTTTTTCCAGTGTTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTg < 1:895415/90‑1 (MQ=255) ccATCAAAAAAAACGAAAAAAATATTGCTTTCTTCCAGTCTTTTTTGCACATCCCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTg < 2:260148/90‑1 (MQ=255) ccATAAAAAAAAACGCAAAAAATTTTGCTTTCTTCCAGTGTTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTg < 1:489645/90‑1 (MQ=255) catcatAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCa < 1:795660/60‑1 (MQ=255) catcatAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCa > 2:795660/1‑60 (MQ=255) catcatAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGa > 2:741542/1‑90 (MQ=255) tcaaAAATAACGCAAAAAATATTGCTTTCTTCCAGTGTTTTTTCCACACCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACa < 1:806489/90‑1 (MQ=255) aaaataaCGCTAAAAATTTTGCTTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAAtt < 1:807289/89‑1 (MQ=255) aaataaCGCAAAAAATATTGCTTTCTTCCAGTGTTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTa < 1:200882/90‑1 (MQ=255) aatacCGCAAAAAATTTTGCTTTCTCCCGTTTTTTTTTCCACATCCCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTaa < 2:13001/90‑1 (MQ=255) aCGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATcgcccgcc > 2:7926/1‑48 (MQ=255) aCGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATcgcccgcc < 1:7926/48‑1 (MQ=255) aCGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTa > 1:232121/1‑90 (MQ=255) aCGCAAAAAATATTGCTTTTTTCCAGTGTTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTa < 2:232121/90‑1 (MQ=255) cacaaaaaaTTTTGCTTTCTTCCAGTTTTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTAc < 2:90320/86‑1 (MQ=255) atTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTa > 2:118337/1‑85 (MQ=255) atTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTa < 1:118337/85‑1 (MQ=255) tGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCAt > 1:692496/1‑90 (MQ=255) cttcCAGTGTTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTa < 2:986980/77‑1 (MQ=255) cttcCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTa > 1:986980/1‑77 (MQ=255) ttcCAGTGTTTTTTCCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGc < 1:261711/90‑1 (MQ=255) | TTTCAAACCTGCGGCGACGTTTTCCGTGGTGGGGTTAGGTTGGGTGCCATCATAAATAACGCTAAAAATATTGCGTTCTTCCAGTGCTTTTTGCACATCGCCCGCCATACCTAATTTCGTTAACATATTGTCAGTGACAATTAAGGTACGGGTAAATCCATAATCTGC > NZ_CP009273/3750942‑3751109 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |