| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 4,561,000 | 0 | A | C | 54.0% | 21.9 / 45.5 | 37 | V131G (GTG→GGG) | yjiR | PLP‑dependent aminotransferase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (10/7); new base C (0/20); total (10/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.58e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.63e-05 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTA > NZ_CP009273/4560912‑4561089 | gAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGcaccac < 2:484088/90‑1 (MQ=255) gCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCAccc < 2:201901/90‑1 (MQ=255) aGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCtt > 1:810531/1‑90 (MQ=255) aGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCtt < 2:445745/90‑1 (MQ=255) aGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCtt < 1:589997/90‑1 (MQ=255) ggCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGCCGGGCTAAAAAGCCATACCCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCCCCCGGCTTAGCTc < 1:128382/90‑1 (MQ=255) ctctCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAg > 1:212488/1‑90 (MQ=255) tctcGCAATCCTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGc < 2:453689/90‑1 (MQ=255) tctcGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGc < 2:697760/90‑1 (MQ=255) gctcGCAATATTCGCTGCCCGGCTAACAAGCCATACCCGAGAACGTTTTGCAGATTATGCTGCCCCCCCCGGTTTAGCTCCCGCCACAGc < 1:1093209/89‑1 (MQ=255) tACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAg > 1:125469/1‑90 (MQ=255) tCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGcc > 2:1093209/1‑89 (MQ=255) gCTGCCCGGCTAACAAGTCATACCCGAAACCGGTTTGCAGATTATGCTGCCCCCCCCGGCTTAGCCCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTgg < 1:306351/90‑1 (MQ=255) gCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTgg > 1:1139406/1‑90 (MQ=255) acgggCTACCAAGACATACCCGAGAACGGTTGGCAGATTATGCTGCCCCCCCCGGTTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGgcgc < 1:876227/87‑1 (MQ=255) aCCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGgcgc > 2:845708/1‑90 (MQ=255) cGGCAAAAAATTCATACCCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCCCCCCCCGGTTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCtt < 1:145418/90‑1 (MQ=255) aaCAAGTCATACCCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCCCCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACa < 1:20544/90‑1 (MQ=255) aaGTCATACCCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCCGCCCCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATcc < 1:103902/90‑1 (MQ=255) aaGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCCCCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATcc < 1:1057823/90‑1 (MQ=255) tCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGgt > 2:72467/1‑90 (MQ=255) cATACCCGAAAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGgtg < 2:988370/90‑1 (MQ=255) aTAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCCCCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGgtgt < 2:399513/90‑1 (MQ=255) agaACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGttt < 2:750231/56‑1 (MQ=255) agaACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGttt > 1:750231/1‑56 (MQ=255) agaACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGttt < 2:522664/56‑1 (MQ=255) agaACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGttt > 1:522664/1‑56 (MQ=255) agaACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTg > 1:314263/1‑90 (MQ=255) gaACGGTTTGCAGATTACGCTGCCCCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGc < 1:589877/90‑1 (MQ=255) gTTTGCAGATTATGCTGCACCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAAc < 1:798852/90‑1 (MQ=255) gTTTGCAGATTATGCTGCACCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAAc < 1:845708/90‑1 (MQ=255) tGCAGATTTTGCTCCCCCACCCGGTTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGa < 1:134763/90‑1 (MQ=255) tGCAGATTATGCTGCCCCCCCCGGCTTGGCCCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGa < 1:552535/90‑1 (MQ=255) cAGATTATGCTGCACCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAAc < 2:654105/90‑1 (MQ=255) aTGCTCCCCCCCCCGGCTTAGCCCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGa < 1:455640/90‑1 (MQ=255) gctgcCCCCCCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAAc < 2:1153221/90‑1 (MQ=255) gctgcCCCCCCCGGCTTAGCCCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAAc < 2:252552/90‑1 (MQ=255) gctgcACCCCCCGTCTTGGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGCCACCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAAc < 2:161812/90‑1 (MQ=255) caccacCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTc > 1:252552/1‑90 (MQ=255) ccaccCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGc > 1:292163/1‑90 (MQ=255) accCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGa > 2:260396/1‑72 (MQ=255) accCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTa > 1:449654/1‑90 (MQ=255) accCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTa > 1:441718/1‑90 (MQ=255) accCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTa > 1:773390/1‑90 (MQ=255) | GAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGGCTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTTAGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTA > NZ_CP009273/4560912‑4561089 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |