| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 766,353 | 0 | T | G | 67.9% | ‑0.7 / 23.7 | 28 | intergenic (+286/‑561) | mngB/cydA | mannosylglycerate hydrolase/cytochrome ubiquinol oxidase subunit I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/9); new base G (19/0); total (19/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.45e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.67e-05 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGC‑GGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCT > NZ_CP009273/766265‑766435 | atGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGC‑GGGGTg < 2:600934/90‑1 (MQ=255) tgtgGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGC‑Ggggggg > 1:788580/1‑90 (MQ=255) ggCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGC‑GGGGGGGGtt > 2:433186/1‑90 (MQ=255) gCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGGGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGC‑GGGGGGGGttt > 1:158240/1‑90 (MQ=255) tATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGC‑GGGGTGGATTTATGc < 1:890172/90‑1 (MQ=255) ttAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGC‑GGGGTGGATTTATGCCTtta < 2:720305/90‑1 (MQ=255) aaaTAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGC‑GGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTa < 1:463173/90‑1 (MQ=255) tGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGC‑GGGGGGGATTTTTTCCTTTTTTTATAATCCTGAAAatc > 2:457885/1‑90 (MQ=255) gggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGC‑GGGGGGGATTTTTTTCTTTTTTTATAATTCTGAAAatct > 1:1143910/1‑90 (MQ=255) gAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGC‑GGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcgt < 2:1068951/90‑1 (MQ=255) gTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGC‑GGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTTAAACTCTgcggcg > 2:46002/1‑90 (MQ=255) atataatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGC‑GGGGGGGATTTATTCCTTTATTTGTAAACCTTAAACTTTGCGTCGGATTAGCCAg > 1:864520/1‑90 (MQ=255) aaGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGGTTTTTGCTTTTTTTAAAAAT‑CTGAAAATCTTCGGCGTATTAGCCAGTGACCcaaaa > 1:1044406/1‑90 (MQ=255) aaGTTAACTAAATGTTAATATTGGC‑GGGGGGGATTTTTGGCTTTTTTAATAATCCTGAAAATTTGCGGCGGTTTTGCCAGTGACCaaaaa > 1:155701/1‑90 (MQ=255) aGTTAACTAAATGTTAATATTGGC‑GGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCaaaaaa < 2:1044406/90‑1 (MQ=255) gTTAACTAAATGTTAATATTGGC‑GGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCaaaaaaa < 2:515458/90‑1 (MQ=255) aaCTAAATGTTAATATTGGC‑GGGGGGGGTTTTTTCCTTTTTTTGTAATCCTGGAACTCGGCGGTGAATTAGCCCGGGCCCCAAAAAAGaa > 2:246764/1‑90 (MQ=255) aaCTAAATGTTAATATTGGC‑GGGGGGGGTTTATTCCTTTATTAATAATCCTGAAAATCTGCGGCGTATTAGCCAGTGACCaaaaaaaaaa > 1:541141/1‑90 (MQ=255) aaCTAAATGTTAATATTGGC‑GGGGGGGGTTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAAATCTGCGTCGTATTATCCAGTGACCaaaaaaaaaa > 2:598832/1‑90 (MQ=255) tAAATGTTAATATTGGC‑GGGGGGGGTTTATGGCTTTATTATTAATCCTTAAACTCTGCGGTGGATTAGCCAGTGACCAAAAAAAAAAATa > 1:629320/1‑90 (MQ=255) aTGTTAATATTGGC‑GGGGGGGGTTTATGCCTTTATTTGTAATCCTGAAAATCTGCGTGGGATTAGCCAGTGACCAAAAAAAAAAATAAgg > 1:350513/1‑90 (MQ=255) aTGTTAATATTGGC‑GGGGGGGGTTTATGCCTTTATTAGTAAACCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAgg > 1:620897/1‑90 (MQ=255) aaTATTGGC‑GGGGGGGGTTTTTGCCTTTTTTTGTAATTCTTAAAATCTGCGTCGTATTAGCCAGTGGCCAAAAAAAAAATTAAGGTCAAc > 1:943102/1‑90 (MQ=255) tGGC‑GGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGc < 2:151044/90‑1 (MQ=255) tGGC‑GGGGGGGGTTTTTGCCTTTTTTTTTAATCCTGAAACTCTTCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAAAATTAAGGTCAACCGTGc > 1:176776/1‑90 (MQ=255) tGGC‑GGGGGGGGTTTTTGCCTTTTTTTGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGGATTTGCCCGTGACCAAAAAAAAAAATAAAGGCAAACGTGc > 1:814666/1‑90 (MQ=255) tGGC‑GGGGGGGATTTATGCCTTTATTATTAATCCTGAAACTCTGCGTCGCATTAACCAGGGACCAAAAAAAGAAATAAGGGCAACCCTGc > 2:181180/1‑90 (MQ=255) tGGC‑GGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGGATTAGCCAGGGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGc > 2:867340/1‑90 (MQ=255) ggC‑GGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCt < 1:246764/90‑1 (MQ=255) | ATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGC‑GGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCT > NZ_CP009273/766265‑766435 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |