| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 766,353 | 0 | T | G | 54.5% | 7.2 / 12.4 | 11 | intergenic (+286/‑561) | mngB/cydA | mannosylglycerate hydrolase/cytochrome ubiquinol oxidase subunit I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/5); new base G (6/0); total (6/5) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.16e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.28e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTT > NZ_CP009273/766265‑766439 | atGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTg < 1:654385/90‑1 (MQ=255) gtgGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGggggggg > 1:530196/1‑89 (MQ=255) ttATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATg > 2:167520/1‑90 (MQ=255) aaaTAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTa < 2:730986/90‑1 (MQ=255) tGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAActc < 2:6746/90‑1 (MQ=255) gggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTTTGCCTTTTTTAGTAATCCTGAAAatct > 2:797669/1‑90 (MQ=255) gggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAActct > 2:483139/1‑90 (MQ=255) gAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcgt < 1:386295/90‑1 (MQ=255) aatataatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAAATCTGCGTCGTATTAGCCa > 2:150215/1‑90 (MQ=255) atataatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTTTTCCTTTTTTTGTAATTCTTAAAATCTGCGTCGTATTTGCCAg > 1:193338/1‑90 (MQ=255) ggCGGGGGGGGTTTATGCCTTTTTTATTAATACTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGGCCAAAAAAAGAATTAAGGTCCAGCGAGCt > 2:532962/1‑90 (MQ=255) gggTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGttt < 1:701892/90‑1 (MQ=255) | ATGTGGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTT > NZ_CP009273/766265‑766439 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |