| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 3,631,337 | G→A | W112* (TGG→TGA) | pitA → | inorganic phosphate transporter PitA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 3,631,337 | 0 | G | A | 94.4% | 115.0 / ‑0.8 | 36 | W112* (TGG→TGA) | pitA | inorganic phosphate transporter PitA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (18/16); total (19/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.52e-01 | |||||||||||
TGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGTTTAACCAATGCGTTGATGA > NZ_CP009273/3631264‑3631416 | tGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTg < 2:88496/90‑1 (MQ=255) gTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAg > 2:410305/1‑90 (MQ=255) gTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAg > 1:546229/1‑90 (MQ=255) tctcATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGc < 2:334200/90‑1 (MQ=255) cATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGctct > 2:352862/1‑90 (MQ=255) tGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCt > 1:328521/1‑90 (MQ=255) tGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCt > 2:43813/1‑90 (MQ=255) ggTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTgg > 2:548858/1‑90 (MQ=255) gtTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGgcgc < 2:334569/90‑1 (MQ=255) tctcTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGa > 1:87946/1‑90 (MQ=255) tATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATcc < 1:320421/61‑1 (MQ=255) tATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATcc > 2:320421/1‑61 (MQ=255) aTGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGatcatc > 2:318320/1‑90 (MQ=255) aTGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGatcatc > 2:319121/1‑90 (MQ=255) tGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCg > 2:440939/1‑90 (MQ=255) tGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCg > 1:363669/1‑90 (MQ=255) gCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACtt > 1:31531/1‑39 (MQ=255) gCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACtt < 2:31531/39‑1 (MQ=18) gCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAt < 2:363669/90‑1 (MQ=255) gCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAt > 2:73354/1‑90 (MQ=255) gCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAt < 2:449083/90‑1 (MQ=255) gCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAt < 2:381822/90‑1 (MQ=255) gCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAt < 2:298430/90‑1 (MQ=255) gCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAt < 1:410305/90‑1 (MQ=255) gCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAt < 2:321075/90‑1 (MQ=255) gCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAt < 1:73354/90‑1 (MQ=255) ggcggcGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTgg > 2:31203/1‑90 (MQ=255) cggcgATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAt > 1:317106/1‑85 (MQ=255) cggcgATTATCTGGAACCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAt < 2:317106/85‑1 (MQ=255) aaCCTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGTTTAACCAATGCGTtg < 1:352862/90‑1 (MQ=255) ccTGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGTTTAACCAATGCGTtgat < 2:473267/90‑1 (MQ=255) tGGGTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGTTTAACCAATGCGTtgatga > 1:346004/1‑90 (MQ=255) gggTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAt < 1:488306/66‑1 (MQ=255) gggTACCTGATACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAt > 2:488306/1‑66 (MQ=255) tGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAt < 2:261474/59‑1 (MQ=255) tGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGAt > 1:261474/1‑59 (MQ=255) | TGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACGCTGATTGGCGCGATCATCGGGATTGGTTTAACCAATGCGTTGATGA > NZ_CP009273/3631264‑3631416 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |