| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 766,368 | 0 | A | T | 57.9% | 2.3 / 19.9 | 19 | intergenic (+301/‑546) | mngB/cydA | mannosylglycerate hydrolase/cytochrome ubiquinol oxidase subunit I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/6); new base T (11/0); total (13/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.46e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTC > NZ_CP009273/766297‑766449 | tGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTTTGTCTTTTTTTTTAATACTGAAActt > 2:611055/1‑89 (MQ=255) gggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTTTTCCTTTTTTAGTAATCCTGAAActct > 2:1211377/1‑90 (MQ=255) gAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcgt < 2:1091140/90‑1 (MQ=255) gAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcgt < 2:493935/90‑1 (MQ=255) aGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTTTTCCTTTTTTAATAATCCTGAAAATCTGcgtc > 2:1095411/1‑90 (MQ=255) aGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGCCTTTTTTAGTAATTCTCAAACCCTGcgtc > 1:938025/1‑90 (MQ=255) atataatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTTTTCCTTTTTTAGTAATCCTAAAAACCTGCGTCGGATTAGCCAg > 1:998662/1‑90 (MQ=255) ttATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCa < 1:611055/90‑1 (MQ=255) tAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGGTTTTTGCCTTTTTTATTAATGCTGGAAATTTGCGGGGTGTTAGCCAGGGAGCaaaaaaaaa > 2:1130041/1‑88 (MQ=255) aaCTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGaa > 1:429611/1‑90 (MQ=255) aCTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAAt < 2:360972/90‑1 (MQ=255) aaaTGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTTTTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTACCCCGTGACCAAAAAAAGAAttta > 1:128322/1‑88 (MQ=255) tAATATTGGCGGGGTGGGTTTATGCCTTTTTTAGTAATCCTGAAACTCTGGGGCGTATTATCCAGTGACCAAAAAAAAAATTAAGGTCaa > 2:569538/1‑90 (MQ=255) aaTATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAAc > 1:167964/1‑90 (MQ=255) tGGCGGGGGGGGTTTTTGCCTTTTTTAGTAATCCTGAAACTCTTCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGc > 2:940874/1‑90 (MQ=255) ggCGGGGGGGGTTTTTTCCTTTTTTTGTAATCCTGAAAATCTTCGTCGGATTTGCCAGGGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCCTGCt > 2:1015240/1‑90 (MQ=255) ggCGGGGGGGATTTTTGCCTTTTTTTGTAATCCTGAAACTCTGCGGCGGATTAGCCAGTGACCAAAAAAAAAATTAAAGTCAACCGTGCt > 2:601776/1‑90 (MQ=255) aTGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGtc < 2:30189/90‑1 (MQ=255) aTGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGtc < 2:1069186/90‑1 (MQ=255) | TGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCTGTTTTTGCTTCGTC > NZ_CP009273/766297‑766449 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |