| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 49,910 | T→G | W30G (TGG→GGG) | folA → | type 3 dihydrofolate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 49,910 | 0 | T | G | 94.9% | 129.5 / ‑2.2 | 39 | W30G (TGG→GGG) | folA | type 3 dihydrofolate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base G (16/21); total (17/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
TCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGACGCAAA > NZ_CP009273/49827‑49996 | tCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTa < 1:845040/90‑1 (MQ=255) cAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTaa > 2:134912/1‑90 (MQ=255) gATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCGTGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCaa < 2:595400/90‑1 (MQ=255) gATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCaa < 2:839155/90‑1 (MQ=255) gATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCaa < 2:681330/90‑1 (MQ=255) ggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGTTTTAAACGCAACACCtt > 2:860355/1‑90 (MQ=255) ggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCtt > 1:1177631/1‑90 (MQ=255) ggcgTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCtt > 1:329571/1‑90 (MQ=255) tAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTtaaata < 2:953326/90‑1 (MQ=255) aGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGt < 1:605721/90‑1 (MQ=255) gATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCAAGCCGTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGGTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTg > 2:1081670/1‑90 (MQ=255) gcgTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCt > 1:632019/1‑72 (MQ=255) gcgTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCt < 2:632019/72‑1 (MQ=255) gcgTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTa > 2:336933/1‑90 (MQ=255) gcgTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAAAGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTa > 2:549274/1‑90 (MQ=255) ttATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGTTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATgg < 1:860355/90‑1 (MQ=255) ttATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCt < 1:119477/69‑1 (MQ=255) ttATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAAAGCAACACCt > 2:119477/1‑69 (MQ=255) aTCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGgc < 1:444288/90‑1 (MQ=255) tCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGgcc < 2:522911/90‑1 (MQ=255) aTGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGgccgc < 2:728147/87‑1 (MQ=255) aTGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGgccgc > 1:728147/1‑87 (MQ=255) aTGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCAt < 2:87295/90‑1 (MQ=255) aTGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCAt < 2:35095/90‑1 (MQ=255) aaaaCGCCATGCCGTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCt < 1:409418/90‑1 (MQ=255) cGCCATGCCGTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGa > 1:110892/1‑90 (MQ=255) cGCCATGCCGTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGa > 2:612616/1‑90 (MQ=255) gTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGgc < 2:191387/67‑1 (MQ=255) gTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGgc > 1:191387/1‑67 (MQ=255) gTGGAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCgg > 2:46396/1‑90 (MQ=255) ggAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATa > 2:955582/1‑72 (MQ=255) ggAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATa < 1:955582/72‑1 (MQ=255) ggAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGgtc < 1:167139/90‑1 (MQ=255) ggAACCTGCCTACCGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGgtc < 2:110892/90‑1 (MQ=255) tgcctaccGATCTCGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGt > 1:647831/1‑90 (MQ=255) cGCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGACGCaa > 2:751676/1‑90 (MQ=255) gCCGGGTTTAAACGCAACCCTTTAAATAAACCCGGGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGACGCaaa < 2:1116608/90‑1 (MQ=255) gCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGACGCaaa < 2:166723/90‑1 (MQ=255) gCCGGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGACGCaaa < 2:145084/90‑1 (MQ=255) | TCAGTCTGATTGCGGCGTTAGCGGTAGATCGCGTTATCGGCATGGAAAACGCCATGCCGTGGAACCTGCCTGCCGATCTCGCCTGGTTTAAACGCAACACCTTAAATAAACCCGTGATTATGGGCCGCCATACCTGGGAATCAATCGGTCGTCCGTTGCCAGGACGCAAA > NZ_CP009273/49827‑49996 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |