| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,430,446 | 0 | A | C | 57.1% | 9.0 / 16.4 | 14 | G235G (GGT→GGG) | ompN | porin OmpN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/0); new base C (0/8); total (6/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.33e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.05e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCA‑GGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAA > NZ_CP009273/1430366‑1430529 | cgtttttCTAAATACATGTTTGCGA‑GGTAAATATTGTCACCATCGTTTTTTAGCCCAGCATTCCCCGCGTCTGTTTTAACCCCCCccgcc < 2:371405/86‑1 (MQ=255) cttttCTAAATACAT‑GTTGCCAGGGTAAATTTTTTTGGCACCGTATTTTAGCCCAGCAGCCCCCGCGTCTGCTTTATCCCCACCcgccgc < 2:268180/88‑1 (MQ=255) ttCTAAATCCATGGTTGCCG‑GGAAAATATTTTTAGCTTCGTATTTTACCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCCCCACCCGCCGCAGt < 1:267941/90‑1 (MQ=255) aTGGTTGCCA‑GGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAAcc < 1:368599/90‑1 (MQ=255) tGGTTGCCA‑GGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCt > 1:27625/1‑90 (MQ=255) tAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCCCCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTg < 2:27625/90‑1 (MQ=255) ttAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCagaa > 1:45511/1‑90 (MQ=255) ccAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCa > 1:61145/1‑90 (MQ=255) cagcagCCCCCGCGTCTGTTTTACCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAg < 2:45511/90‑1 (MQ=255) cTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGc > 1:303994/1‑90 (MQ=255) cTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTG‑GGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGcc > 2:402274/1‑90 (MQ=255) ttttACCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTa < 2:61145/89‑1 (MQ=255) cTTTATCCCCCCCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTa < 1:73496/90‑1 (MQ=255) tttATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTaa > 2:244039/1‑90 (MQ=255) | CGCGTTTCTGAATACATGGTTGCCA‑GGTAAATATTGTTAGCATCGTATTTTAGCCCAGCAGTCCACGCGTCTGCTTTATCACCACCCGCCGCAGTATGGTTAACCTGGTCATTGGTGCGGTCAGAAGAGGTGTATGCCGCACCAGCGCTAAAGCCCATGCCTAA > NZ_CP009273/1430366‑1430529 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 6 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |