| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 766,353 | 0 | T | G | 66.7% | ‑0.6 / 16.9 | 24 | intergenic (+286/‑561) | mngB/cydA | mannosylglycerate hydrolase/cytochrome ubiquinol oxidase subunit I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/6); new base G (16/0); total (18/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.08e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.48e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCT > NZ_CP009273/766269‑766435 | ggCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGggggggggt > 1:188037/1‑87 (MQ=255)ggCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGtt > 2:225125/1‑90 (MQ=255) ttATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGtttttt > 1:763725/1‑87 (MQ=255) ataataACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAAt < 1:18729/90‑1 (MQ=255) ccTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATTCCTTTTTTTGTAATTCTTaaaa > 2:18729/1‑89 (MQ=255) gggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTTTTCCTTTTTTAGTAAACCTGAAAatct > 1:127237/1‑90 (MQ=255) gggTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTTTTAGTAATCCTGAAActct > 2:744848/1‑90 (MQ=255) gAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGcgt < 2:381671/90‑1 (MQ=255) aGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGTCTTTTTTTGTTATATTTAAAATATGcgtg > 1:599691/1‑89 (MQ=255) gTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGCCTTTATTATGAATCCTGAAACTCTGcgccg > 2:668767/1‑90 (MQ=255) aTTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGTTTTTTGTCTTTATTAATAATTCTTAAAATATTCGGCGTAtt > 2:171634/1‑90 (MQ=255) atataatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATTCCTTTTTTAGTAATTCTGAAAATCTGCGTCGGATTAGCCAg > 1:699992/1‑90 (MQ=255) atataatTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGCCTTTTTTAGTAATCCTGAAACTCTTCGTCGTATTTGCCAg > 2:587080/1‑90 (MQ=255) tataAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTATGCCCTTATTAGTAATCCTGAAAATCTGCTTTGTCGTAGACAGTGACCaa > 2:538197/1‑90 (MQ=255) aaGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAAATCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCaaaaa > 2:186379/1‑90 (MQ=255) aaCTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGGTTTTTGCCTTTTTTAGTAATCCTGAAAATCTGCGTCGGATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGaa > 1:73783/1‑90 (MQ=255) aaCTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGGTTTTTGCCTTTATTAGTAATCCTGAAAATCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCaaaaaaaaaa > 2:356867/1‑90 (MQ=255) aaCTAAATGTTAATATTGGCGGGGGGGATTTATTCCTTTATTTGTAATCCTGAAAATCTTCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGaa > 2:502222/1‑90 (MQ=255) aCTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAAt < 1:650115/90‑1 (MQ=255) tAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTa < 1:270070/90‑1 (MQ=255) tAATATTGGCGGGGGGGGTTTTTGCCTTTTTTAGTAATCCTGAAAATCTGGGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAAGTCaa > 2:588634/1‑90 (MQ=255) tAATATTGGCGGGGGGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCaa > 2:105577/1‑90 (MQ=255) aaTATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAAc < 2:313354/90‑1 (MQ=255) tGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGc < 2:188037/90‑1 (MQ=255) ggCGGGGGGGGTTTTTGCCTTTTTTTTTAATCCTGAAACTCTGCGGCGTATTTGCCAGTGTCCAAAAAAAAAATTAAGGTCAACCGTGCt > 1:253905/1‑90 (MQ=255) | GGCTTTATTTTTAACAAAATAATAACCCTGGGTGAGTTAATTATAATATAATTATAAGTTAACTAAATGTTAATATTGGCGGGGTGGATTTATGCCTTTATTAGTAATCCTGAAACTCTGCGTCGTATTAGCCAGTGACCAAAAAAAGAATTAAGGTCAACCGTGCT > NZ_CP009273/766269‑766435 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |