| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,782,797 | 0 | A | C | 55.0% | 21.6 / 27.2 | 20 | T36P (ACC→CCC) | aroH | 3‑deoxy‑7‑phosphoheptulonate synthase AroH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/1); new base C (0/11); total (8/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.14e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.02e-05 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTCCGTACTGCGCGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGCCCCTGCTCG > NZ_CP009273/1782710‑1782874 | ccccGTACTGCGCGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCAcc < 2:967747/88‑1 (MQ=255) gcgcGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCccgc > 2:383977/1‑90 (MQ=255) gcgcGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCccgc > 1:106886/1‑90 (MQ=255) gcgcGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCccgc > 1:631766/1‑90 (MQ=255) gCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGaaa > 2:41655/1‑90 (MQ=255) gCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGaaa > 1:180951/1‑90 (MQ=255) aCGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTg > 2:237272/1‑90 (MQ=255) cccccccGACCCCGCCCTAGGGTACCCCGTAACCCCGGGGGCCCCCCCCCATGCCCCCGCCCCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGaa < 1:41655/89‑1 (MQ=255) ccgACCCCGCCCTCCGGTACCCCGAACCGCCTGCCGCCCCCCCCCATGTCCCCGCCCCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTg < 1:682105/90‑1 (MQ=255) aCTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGa > 1:830114/1‑90 (MQ=255) tACGGTACCCCGTAACGCCTGGCGTCCCCCCCCATGTCCCCGCCCCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGAc < 2:46908/90‑1 (MQ=255) ggTATCCGGTACCGCCGGGCCCCCCCACCCATGTCCCCGCCCCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGt < 2:616547/90‑1 (MQ=255) accccGTAACCCCTGGCGCCCCCCCCCATGCCCCCGCCCCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTgg < 2:751646/88‑1 (MQ=255) cccGTACCGCCTGGCGTCGCCCCCCATGCCCCCGCCTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTc < 2:383986/90‑1 (MQ=255) cccGTAACGCCTGGCGTCCCCCCCCATGTCCCCGCCTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTc < 2:180951/90‑1 (MQ=255) cccGAACCGCCGGGCGTCCCCCCCCATGTCCCCGCCTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTc < 2:396835/90‑1 (MQ=255) cGTAACGCCGGGCGTCCCCCCCCATGCCCCCGCCTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCat < 1:383977/90‑1 (MQ=255) gTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCatt > 2:746768/1‑90 (MQ=255) ggCGCCCCCCCCCATGCCCCCCCCCCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGcccc < 1:237272/90‑1 (MQ=255) cccccccATGCCCCCGCCTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGCCCCTGCTCg < 2:508322/86‑1 (MQ=255) | CTCCGTACTGCGCGTATTGAGAGCCTGGTAACGCCCGCCGAACTCGCGCTACGGTATCCCGTAACGCCTGGCGTCGCCACCCATGTCACCGACTCCCGCCGCAGAATTGAAAAAATACTGAATGGTGAAGATAAGCGACTGTTGGTCATTATTGGCCCCTGCTCG > NZ_CP009273/1782710‑1782874 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |