| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 765,675 | 0 | A | C | 60.9% | 17.2 / 22.5 | 23 | T748P (ACC→CCC) | mngB | mannosylglycerate hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/2); new base C (0/14); total (7/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.47e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.32e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CCTGGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATC > NZ_CP009273/765588‑765752 | ccTGGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATAcc > 2:370403/1‑90 (MQ=255) gggCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGt > 2:442097/1‑90 (MQ=255) tCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGCCTCACAACTACGTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAAcc < 1:193830/90‑1 (MQ=255) gAATAAAAATCCCAGCCCGGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTTTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCAAAccgccg < 1:54632/90‑1 (MQ=255) aaTGCCAGCCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTCCGCCAACCGCCGCTGgtgt < 1:348656/90‑1 (MQ=255) cAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTc > 1:347079/1‑90 (MQ=255) aCGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCt > 2:486579/1‑90 (MQ=255) gggggTCTGCTTTCTTGCCCCCTAATTTTATTGATTTATCCGGGTCCGCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:442097/87‑1 (MQ=255) ggTGGTCTGTTTTTTTGCCCCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:556573/89‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTTTTGTCCCCTAAGTTTATTGATTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:858408/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCACCCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:14147/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:241121/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGTTTTCTTGCCCCTTAATTTTTTTGATTTATCCGGGTCCCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 1:486579/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAATTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:317499/90‑1 (MQ=255) cGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:220768/90‑1 (MQ=255) tGGTCTGCTTTTTTGTCCCCTAATTTTTTTGAGTTATACCGGTCCGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGAc < 2:231431/90‑1 (MQ=255) tGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGAc > 1:28565/1‑90 (MQ=255) gtttttttGTCGCCTAATTTTATTGATTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGt < 1:255758/88‑1 (MQ=255) ttCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATCCCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACa < 2:213508/90‑1 (MQ=255) cGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTac > 1:573681/1‑90 (MQ=255) ttATTGATTTATCCCGGTACCCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATc < 2:430651/90‑1 (MQ=255) gTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg > 1:562338/1‑56 (MQ=255) gTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTg < 2:562338/56‑1 (MQ=255) | CCTGGGCGGCCTTCGGGAATTAAAATGCCAGTCCCGGACTCACAACTACGTGGTCTGCTTTCTTGTCGCCTAAGTTTATTGAGTTATACCGGTACGCCAACCGCCGCTGGTGTAGCTCAGCAGGCGCGAGCATGGCTGACTCCAGTACAGTGTTACAACAAAATC > NZ_CP009273/765588‑765752 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |