| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 578,971 | (A)6→5 | intergenic (+380/‑166) | BW25113_RS26085 → / → appY | tail fiber assembly protein/DNA‑binding transcriptional activator AppY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 578,966 | 0 | A | . | 100.0% | 36.5 / NA | 10 | intergenic (+375/‑171) | BW25113_RS26085/appY | tail fiber assembly protein/DNA‑binding transcriptional activator AppY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base . (3/7); total (3/7) | |||||||||||
GCAAGAGGTTTCAGGTGCGTTGTAGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTAGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATAT > NZ_CP009273/578877‑579047 | gCAAGAGGTTTCAGGTGCGTTGTAGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTAGAATa > 2:10921/1‑90 (MQ=255) aaGAGGTTTCAGGTGCGTTGTAGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTAGAATaaa < 1:160484/90‑1 (MQ=255) agagGTTTCAGGTGCGTTGTAGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTAGAATaaaa < 1:856515/90‑1 (MQ=255) agagGTTTCAGGTGCGTTGTAGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTAGAATaaaa > 2:507138/1‑90 (MQ=255) agGTTTCAGGTGCGTTGTAGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTAGAATaaaaac < 1:507138/90‑2 (MQ=255) ttCAGGTGCGTTGTAGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTAGAAT‑AAAAacaaca < 1:397557/90‑1 (MQ=255) aGGTGCGTTGTAGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTAGAAT‑AAAAACAacatac < 2:155394/90‑1 (MQ=255) gTTGTAGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTAGAAT‑AAAAACAACATACATataa < 2:777084/90‑1 (MQ=255) gTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTAGAAT‑AAAAACAACATACATATAATAATTTAATc > 1:625886/1‑90 (MQ=255) tATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTAGAAT‑AAAAacaaca > 1:897347/1‑68 (MQ=255) tATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTAGAAT‑AAAAacaaca < 2:897347/68‑1 (MQ=255) ataaAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTAGAAT‑AAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGaaa > 2:193497/1‑90 (MQ=255) cGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTAGAAT‑AAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCaa < 1:269343/90‑1 (MQ=255) tGTAACTTTGAAATAAGTTAGAAT‑AAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAAttt < 1:315129/90‑1 (MQ=255) aGTTAGAAT‑AAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAatat < 2:678210/90‑1 (MQ=255) | GCAAGAGGTTTCAGGTGCGTTGTAGTGAGTTTATGTTAATAAAAAGCATAGTAAGCGTTGAAAAATGTAACTTTGAAATAAGTTAGAATAAAAAACAACATACATATAATAATTTAATCTTAAATGAAATTTATTAAAATTTGCAAACTATAATTTTGTGTATAAAAATAT > NZ_CP009273/578877‑579047 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |