| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 4,484,479 | A→G | S14G (AGT→GGT) | idnK → | gluconokinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 4,484,479 | 0 | A | G | 97.3% | 128.0 / NA | 37 | S14G (AGT→GGT) | idnK | gluconokinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (15/21); total (15/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCGCCAGGCGTAGTATCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCA > NZ_CP009273/4484392‑4484560 | ccgccAGGCGTAGTATCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGt < 1:347107/90‑1 (MQ=255) aGGCGTAGTATCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTaa < 2:278859/90‑1 (MQ=255) tCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGt < 2:356694/75‑1 (MQ=255) tCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGt > 1:356694/1‑75 (MQ=255) tCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAAtt < 1:245918/90‑1 (MQ=255) gcagcaGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGGGGTAAAACATTAATTgg > 1:761642/1‑90 (MQ=255) gcagcaGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGGGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGGTTTAGGGGGGGGTAAAACATTAATTgg > 2:295573/1‑90 (MQ=255) agcagGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTa < 1:146014/90‑1 (MQ=255) gcagGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAg > 1:119898/1‑90 (MQ=255) gcagGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGGGGTAAAACATTAATTGGTAg > 1:129924/1‑90 (MQ=255) agGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGt > 2:610715/1‑68 (MQ=255) agGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGt < 1:610715/68‑1 (MQ=255) agGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCa > 1:855765/1‑90 (MQ=255) agGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGGGGTAAAACATTAATTGGTAGCa > 1:437150/1‑90 (MQ=255) agGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGGGGTAAAACATTAATTGGTAGCa > 1:881326/1‑90 (MQ=255) gatgatTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTg > 2:899329/1‑90 (MQ=255) atgatTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGc < 2:855765/90‑1 (MQ=255) tgatTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGcc < 1:592842/90‑1 (MQ=255) gatTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCcg < 1:560497/90‑1 (MQ=255) gatTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCcg < 1:295573/90‑1 (MQ=255) atTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTa < 1:622571/62‑1 (MQ=255) atTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTa > 2:622571/1‑62 (MQ=255) ttCAGGAGATTTTAAATGGCGGGGGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGGGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCcgcg > 2:323899/1‑90 (MQ=255) gaTTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTtattat < 2:1258/90‑1 (MQ=255) aTTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATc < 2:385739/90‑1 (MQ=255) ttttAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACAt < 2:118082/58‑1 (MQ=255) ttttAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACAt > 1:118082/1‑58 (MQ=255) tGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAAt < 1:112433/90‑1 (MQ=255) ggCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAAtt > 2:737917/1‑90 (MQ=255) gAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGAt < 1:531962/90‑1 (MQ=255) tttATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGAc < 1:730353/90‑1 (MQ=255) ttATTTTGATGGGCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACg < 2:739407/90‑1 (MQ=255) ttATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGCCg < 2:663407/90‑1 (MQ=255) gCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCaa < 1:826511/37‑1 (MQ=255) gCGTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCaa > 2:826511/1‑37 (MQ=255) gTTTCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGcc < 2:542451/90‑1 (MQ=255) tttCAGGGGGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCa < 2:357983/90‑1 (MQ=255) | CCGCCAGGCGTAGTATCGCAGCAGGTAAGATGATTCAGGAGATTTTAAATGGCGGGTGAAAGCTTTATTTTGATGGGCGTTTCAGGGAGTGGTAAAACATTAATTGGTAGCAAGGTTGCCGCGTTATTATCTGCTAAATTTATTGATGGTGACGATCTTCATCCAGCCA > NZ_CP009273/4484392‑4484560 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |