| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 1,878,490 | T→C | pseudogene (1082/1482 nt) | yeaV → | BCCT family transporter YeaV |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,878,490 | 0 | T | C | 93.0% | 131.3 / 2.4 | 43 | pseudogene (1082/1482 nt) | yeaV | BCCT family transporter YeaV |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base C (19/21); total (21/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
ACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACC > NZ_CP009273/1878409‑1878569 | aCGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTcgccg > 2:251441/1‑90 (MQ=255) cGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTcgccgc < 1:54635/90‑1 (MQ=255) cGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTcgccgc < 2:765789/90‑1 (MQ=255) gTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCa < 1:388069/90‑1 (MQ=255) ccACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATAc > 1:394999/1‑90 (MQ=255) ccACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATAc > 2:111974/1‑90 (MQ=255) acaGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCt > 1:413556/1‑90 (MQ=255) gCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGt > 1:341296/1‑90 (MQ=255) gCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGt > 2:441096/1‑90 (MQ=255) gCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGt > 1:486304/1‑90 (MQ=255) gCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGt < 1:816170/90‑1 (MQ=255) gAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGtgatg < 2:739600/90‑1 (MQ=255) gAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGtgatg < 2:786280/90‑1 (MQ=255) gggCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTAtttt > 1:872599/1‑90 (MQ=255) ggcggcGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTc > 2:44849/1‑90 (MQ=255) gcgAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTg > 1:620022/1‑90 (MQ=255) gcgAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTg > 2:549815/1‑90 (MQ=255) aaCAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTc < 2:295973/90‑1 (MQ=255) aaCAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTc < 2:4457/90‑1 (MQ=255) aaCAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTc < 1:744162/90‑1 (MQ=255) aaCAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTc < 1:703271/90‑1 (MQ=255) gTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATg < 1:441096/90‑1 (MQ=255) aCAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGa > 2:286733/1‑90 (MQ=255) cAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGAt < 1:286733/90‑1 (MQ=255) gCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGc < 2:872599/90‑1 (MQ=255) gCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGc < 2:413556/90‑1 (MQ=255) gCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTG‑TCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCa > 2:710583/1‑90 (MQ=255) aaGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTcgc > 1:649865/1‑40 (MQ=255) aaGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTcgc < 2:649865/40‑1 (MQ=255) aaGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAg > 2:698603/1‑90 (MQ=255) aaGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAg < 2:816098/90‑1 (MQ=255) aaGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAg < 1:598789/90‑1 (MQ=255) ttCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAg > 1:849192/1‑87 (MQ=255) ttCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAg < 2:849192/87‑1 (MQ=255) ttCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTgg < 2:173696/90‑1 (MQ=255) ttCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTgg > 1:113950/1‑90 (MQ=255) ttCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTgg > 1:135036/1‑90 (MQ=255) cTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGcc < 1:857501/90‑1 (MQ=255) tGTAGTTGCCAGCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCCTCCCTGGGCGTGATGATTATTCTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGCCTaca < 2:639277/90‑1 (MQ=255) gCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAg > 2:6025/1‑70 (MQ=255) gCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAg < 1:6025/70‑1 (MQ=255) gCCGGTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGgcggcg > 2:759569/1‑90 (MQ=255) ggTAAATTGTCCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGAcc > 2:244597/1‑90 (MQ=255) | ACGTCCCACAGGTGCTGGAAACACTGGGCGGCGAAACAGCTGTACAGCAAGTTCTGATGTCGTTGCCAGCCGGTAAATTGTTCCTCGCCGCATACCTGGGCGTGATGATTATTTTCCTTGCCTCGCATATGGATGCAGTGGCCTACACCATGGCGGCGACC > NZ_CP009273/1878409‑1878569 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |