Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NZ_CP009273	579,943	(T)8→7	intergenic (+57/+193)	appY → / ← ompT	DNA‑binding transcriptional activator AppY/omptin family outer membrane protease OmpT

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NZ_CP009273	579,936	0	T	.	100.0%	77.0 / NA	19	intergenic (+50/+200)	appY/ompT	DNA‑binding transcriptional activator AppY/omptin family outer membrane protease OmpT
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base . (12/7);  total (12/7)

ACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGTTTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTT  >  NZ_CP009273/579870‑580020                                                                   |                                                                                     acaaaacaaTTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGaa                                                              >  1:419995/1‑90 (MQ=255) acaaaacaaTTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGaa                                                              >  1:385270/1‑90 (MQ=255)     aacaaTTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCAt                                                          >  2:721616/1‑90 (MQ=255)          ttGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAAtt                                                     <  1:678581/90‑1 (MQ=255)              cTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTa                                                 >  2:344494/1‑90 (MQ=255)                 aTAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAAtt                                              >  1:320318/1‑90 (MQ=255)                          attaCAAGTTGTCTACATGTTAATTTTAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTg                                     <  1:34145/90‑1 (MQ=255)                                          aTGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTataca                     >  1:20503/1‑90 (MQ=255)                                           tGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTatacat                    >  1:80359/1‑90 (MQ=255)                                           tGTTAATTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTatacat                    <  2:550781/90‑1 (MQ=255)                                               aaTTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACta                <  2:114745/90‑1 (MQ=255)                                               aaTTATAATATTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACta                <  2:180853/90‑1 (MQ=255)                                                    taataTTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAAtt           <  1:15564/90‑1 (MQ=255)                                                     aataTTATACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTg          >  1:173646/1‑90 (MQ=255)                                                        attatACAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATGATTGATg       <  1:351348/90‑1 (MQ=255)                                                          tataCAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGt     >  1:619589/1‑90 (MQ=255)                                                           ataCAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGtt    >  1:205657/1‑90 (MQ=255)                                                           ataCAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGtt    >  2:136799/1‑90 (MQ=255)                                                             aCAGCG‑TTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGtttt  >  1:283859/1‑90 (MQ=255)                                                                   |                                                                                     ACAAAACAATTGACTGATAATGTTTATTACAAGTTGTCTACATGTTAATTATAATATTATACAGCGTTTTTTTTGATGTGATATTCTGGAACCATTAATTTGTAATTGGGTTGCTGTCGCCTATTTTATACATACTATAATTGATGGTTTT  >  NZ_CP009273/579870‑580020

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑