| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 1,598,180 | 0 | T | G | 57.1% | 8.8 / 19.7 | 23 | V302G (GTG→GGG) | lsrC | autoinducer 2 ABC transporter permease LsrC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/7); new base G (12/0); total (16/7) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.10e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.98e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACGCAGATCGATAGCGTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAAC > NZ_CP009273/1598092‑1598269 | aCGCAGATCGATAGCGTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGgtg < 2:162563/90‑1 (MQ=255) gTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGGGTTTGATGGGCGCCTg > 2:300263/1‑90 (MQ=255) gTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGGGCTGGGGTTTTTTGGACGcccg > 1:380370/1‑88 (MQ=255) ggTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTTATGGTCGCCTTCGttt > 1:747755/1‑89 (MQ=255) ggTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTtg < 2:106300/90‑1 (MQ=255) ggTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGGGGTTTATGGGCGCCTGCGGtg > 1:774431/1‑90 (MQ=255) ggTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGGGGTGGGGGTTGGTTGACGCCTGCGttt > 1:217316/1‑89 (MQ=255) tGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGGGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTgcgc > 2:565456/1‑90 (MQ=255) tGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGGGGTTGGTGGGCGCCCGCGTTGTgcgc > 1:284977/1‑90 (MQ=255) tGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGGGCTGGGGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTgcgc > 2:293143/1‑90 (MQ=255) tGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGGGCTGGCGTTTGTTGGGGCCCTGCGTTGGGCGCTgg > 2:503674/1‑90 (MQ=255) tGCGCATGCCGGCATGGGGGAATGATTTTATCGCGGGGCTGGTTCGGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGGGGCCTGGGTTGTGGGGTgg > 1:649509/1‑90 (MQ=255) cgcATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGaa < 2:538729/90‑1 (MQ=255) gcATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGGGTTTGATGGGCGGCTGCGTTTGGGGCTGGTAc > 1:341140/1‑90 (MQ=255) ttCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGGGCTGGGGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACgga > 1:554743/1‑88 (MQ=255) ccGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGGGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAAt > 2:323853/1‑90 (MQ=255) tggtggAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTAcgg < 2:112486/90‑1 (MQ=255) gtggAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGGGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGGAATCTAcggcg > 2:644432/1‑90 (MQ=255) tttATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGGGCTGGGGTTTTATGGGCGCCTGCGGTGTGCGCTGGAACGGAATCTACGGCGGGaaaaaaaa > 1:36180/1‑87 (MQ=255) tCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGccc < 1:630083/90‑1 (MQ=255) gggTCTGGTTCTGCTGGCGGGGCTGGCGTTTGGTGGTCGCCTGGGTTGTGCGCGGGAAGGTAATCTACGGCGGGAAAAATATTGCCGcgt > 1:150963/1‑88 (MQ=255) gCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCa < 2:247134/90‑1 (MQ=255) cGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCAt < 2:486631/90‑1 (MQ=255) cGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCAt < 1:620700/90‑1 (MQ=255) tgtTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAAc < 2:129597/90‑1 (MQ=255) | ACGCAGATCGATAGCGTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAAC > NZ_CP009273/1598092‑1598269 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |