| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 476,525 | A→G | intergenic (‑361/+185) | tomB ← / ← acrB | Hha toxicity modulator TomB/efflux RND transporter permease AcrB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 476,525 | 0 | A | G | 97.1% | 112.9 / ‑3.5 | 34 | intergenic (‑361/+185) | tomB/acrB | Hha toxicity modulator TomB/efflux RND transporter permease AcrB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (11/22); total (11/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.61e-01 | |||||||||||
AGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGG > NZ_CP009273/476439‑476607 | aGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGgtta > 2:440282/1‑90 (MQ=255)aGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGgtta > 1:33992/1‑90 (MQ=255)aGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGgtta > 1:462491/1‑90 (MQ=255)aGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGgtta > 1:456369/1‑90 (MQ=255) aTTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGttatta < 1:652207/90‑1 (MQ=255) aTTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGttatta < 1:352784/90‑1 (MQ=255) tGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTaaa < 1:440282/90‑1 (MQ=255) gCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAAt < 1:672871/90‑1 (MQ=255) gCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAAt > 1:310117/1‑90 (MQ=255) gCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAAt < 1:568503/90‑1 (MQ=255) gCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAAt < 2:661662/90‑1 (MQ=255) gAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTAtt < 1:145893/90‑1 (MQ=255) gAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTAtt < 2:711731/90‑1 (MQ=255) tGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAgcgc > 1:411504/1‑90 (MQ=255) tGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAgcgc < 1:516950/90‑1 (MQ=255) tGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAgcgc < 2:680240/90‑1 (MQ=255) tGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAgcgc < 2:554865/90‑1 (MQ=255) tGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAgcgc < 2:456369/90‑1 (MQ=255) tGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAgcgc < 2:416363/90‑1 (MQ=255) tGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAgcgc < 2:122217/90‑1 (MQ=255) gTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACt < 1:494483/90‑1 (MQ=255) cGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATaa > 1:35590/1‑90 (MQ=255) gAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATaaa > 1:316521/1‑90 (MQ=255) aatAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATtaactaa < 1:369909/90‑1 (MQ=255) gAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCa < 2:212932/90‑1 (MQ=255) ttACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTa > 2:302334/1‑90 (MQ=255) aCCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTAtt > 2:738735/1‑90 (MQ=255) gCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACaa < 1:659376/79‑1 (MQ=255) gCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACaa > 2:659376/1‑79 (MQ=255) aaaTAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACt < 1:706758/57‑1 (MQ=255) aaaTAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACt > 2:706758/1‑57 (MQ=255) tAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCg < 2:155139/90‑1 (MQ=255) tAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCg < 2:562036/90‑1 (MQ=255) tAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCg < 1:463048/90‑1 (MQ=255) tAGCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCg > 1:1487/1‑90 (MQ=255) gCCTCTAAATGATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTg > 2:316228/1‑90 (MQ=255) gATTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTg > 1:111421/1‑90 (MQ=255) aTTATGGGTTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTgg < 1:302334/90‑1 (MQ=255) | AGGATTGCTCTGAATATGACGTAATAACCGAGGAATGAATAAAGAATTACCGCAAATAATTAAGAATAGCCTCTAAATGATTATGGATTATTAAATCTATTAGCGCTACTTAATATAAATTAACTAACAATCAGTATTTTTTATGAATTTTATCCGTGGTTAATACTGG > NZ_CP009273/476439‑476607 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |