| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP009273 | 297,509 | G→C | G30G (GGC→GGG) | paoB ← | aldehyde oxidoreductase FAD‑binding subunit PaoB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP009273 | 297,509 | 0 | G | C | 96.0% | 76.6 / ‑2.6 | 25 | coding (90/957 nt) | paoB | aldehyde oxidoreductase FAD‑binding subunit PaoB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (12/12); minor base . (1/0); total (13/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.64e-01 | |||||||||||
CCGAGGCCGTTCACATCGATAAGGTGGGTGGGCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGT‑CCCGCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTAAGTGCCGCCTCGGCTGGGGTATTCACTCGTTCATAGGTAAAC > NZ_CP009273/297435‑297590 | ccGAGGCCGTTCACATCGATAAGGTGGGTGGGCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGT‑CCCCCCCGCGATAAAtttt > 1:106269/1‑90 (MQ=255) gAGGCCGTTCACATCGATAAGGTGGGTGGGCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGT‑CCCCCCCGCGATAAATTTTgc > 2:219626/1‑90 (MQ=255) gAGGCCGTTCACATCGATAAGGTGGGTGGGCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGT‑CCCCCCCGCGATAAATTTTgc > 1:5488/1‑90 (MQ=255) gCCGTTCACATCGATAAGGTGGGTGGGCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGT‑CCCCCCCGCGATAAATTTTGCGcc < 1:7355/90‑1 (MQ=255) ccGTTCACATCGATAAGGTGGGTGGGCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGT‑CCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCg > 1:145664/1‑90 (MQ=255) cGATAAGGTGGGTGGGCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGT‑CCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCt < 2:104837/90‑1 (MQ=255) aTAAGGTGGGTGGGCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGTCCCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTg < 1:343585/90‑1 (MQ=255) gtgggtggGCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGTCCCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAgcgc > 1:127409/1‑90 (MQ=255) gggtgggCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGT‑CCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTaa > 1:259232/1‑90 (MQ=255) ggtgggCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGTCCCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTaa > 2:271347/1‑90 (MQ=255) ggtgggCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGT‑CCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTAAg > 1:286449/1‑90 (MQ=255) tCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGTCCCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTAAGTGCCGCCTCGGCTgg < 2:206689/90‑1 (MQ=255) ccAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGT‑CCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTAAGTGCCGCCTCGGCTgg > 1:186198/1‑88 (MQ=255) ccAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGT‑CCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTAAGTGCCGCCTCGGCTgg < 2:186198/88‑1 (MQ=255) ttCATCAGGTCCAGCAGATTGGT‑CCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTAAGTGCCGCCTCGGCTGGGGTATTc < 2:5488/90‑1 (MQ=255) tcatcaGGTCCAGCAGATTGGTCCCCCCCCGCGATAAATTTTGCGcc > 1:241113/1‑47 (MQ=37) tcatcaGGTCCAGCAGATTGGTCCCCCCCCGCGATAAATTTTGCGcc < 2:241113/47‑1 (MQ=38) atcaGGTCCAGCAGATTGGT‑CCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTAAGTGCCGCCTCGGCTGGGGTATTCACt < 2:126593/90‑1 (MQ=255) tcaGGTCCAGCAGATTGGTCCCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTAAGTGCCGCCTCGGCTGGGGTATTCACt < 2:297547/90‑1 (MQ=255) tcaGGTCCAGCAGATTGGT‑CCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTAAGTGCCGCCTCGGCTGGGGTATTCACTc < 2:94638/90‑1 (MQ=255) tcaGGTCCAGCAGATTGGT‑CCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTAAGTGCCGCCTCGGCTGGGGTATTCACTc < 1:145932/90‑1 (MQ=255) caGGTCCAGCAGATTGGTCCCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTAAGTGCCGCCTCGGCTGGGGTATTCACTc < 2:127409/90‑1 (MQ=255) gTCCAGCAGATTGGTCCCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTAAGTGCCGCCTCGGCTGGGGTATTCACTCGtt > 1:272727/1‑90 (MQ=255) agcagATTGGT‑CCCCCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTAAGTGCCGCCTCGGCTGGGGTATTCACTCGTTCATAg > 2:315041/1‑90 (MQ=255) aTTGGT‑CCC‑CCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTAAGTGCCGCCTCGGCTGGGGTATTCACTCGTTCATAGGTAAAc > 1:45056/1‑90 (MQ=255) | CCGAGGCCGTTCACATCGATAAGGTGGGTGGGCGTTTCAATTTCCAGCTTCATCAGGTCCAGCAGATTGGT‑CCCGCCCGCGATAAATTTTGCGCCGGGTACGCGCTGAGCGCTAAGTGCCGCCTCGGCTGGGGTATTCACTCGTTCATAGGTAAAC > NZ_CP009273/297435‑297590 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |